被拖欠加班工资是可以申请劳动仲裁的，《劳动争议调解仲裁法》中规定了劳动仲裁机构的受案范围，因为拖欠工资，离职，辞退，劳动合同的订立，解除，终止等发生的争议，都可以通过劳动仲裁处理。并且，劳动关系存续期间讨要加班工资是不受仲裁时效限制的。
一、做一休二加班工资被拖欠可以申请劳动仲裁吗?
做一休二加班工资被拖欠的，可以申请劳动仲裁，劳动关系中产生的劳动争议均可以申请劳动仲裁。
《劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议;
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
二、加班工资的计算依据是怎样的?
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
三、加班工资被拖欠的仲裁流程有哪些?
(一)提交申请书：当事人申请仲裁，应当提交书面仲裁申请书，并按照被申请人数提交副本。
(二)仲裁受理：仲裁委员会应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。仲裁委员会决定受理的，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人。决定不予受理的，应当说明理由。
(三)开庭审理：仲裁庭应当于开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉自理，对被申请人可以做缺席裁决。
(四)仲裁调解：仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力;调解未达成协议的，仲裁庭应当及时裁决。
(五)仲裁裁决：仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经批准可以延期并书面通知当事人，延长期限不超过十五日。仲裁庭裁决后应当制作仲裁书送达双方当事人。当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内，可以向人民法院起诉;期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。
事实上，司法实践中并不是所有用人单位实行的工作模式都是固定工时制，用人单位可以根据本单位的生产经营特点规定其他的工作模式，但无论是哪一种工作模式，只要延长了劳动者的工作时间，用人单位就应该依法发放加班费。
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