无证自建房和违章建筑的区别在于违章建筑包括无证自建房，但是无证自建房不一定是违法建筑。遇到拆迁征收时，无证房屋可能可以拿到与有证房屋一样的补偿，但是违章建筑不能。
上个世纪八、九十年代的时候，城市住房紧张，所以当时国家是鼓励自建房，自建房可以说是当时时代性的产物。而现在随着经济的发展，很多房子都面临拆迁，当时的自建房可以说是前几批被拆迁的，而自建房没有证件，因此自建房的拆迁补偿问题便由此展开。
在对自建房进行合法性认证时，我们应该客观地考虑自建房没有证件是因为历史等原因导致。所以现在目前在征收时，征收方会出未登记面积的登记标准地方性规范性文件，可以按照合法建筑标准给予征收补偿。
但是在不少征收过程中，这个地方性规范性文件可能合法性认定的工作并未依法实施，从而使得被征收人自建房的补偿安置不到位。在这种情况下，被征收人可以通过法律程序来维护自己的合法权益。
如果是处在协商阶段，没有收到征收方的决定，我们可以向作出征收决定的房屋征收部门或市、县级人民政府申请他们履行对没有经过登记建筑的认定处理和法定职责。收到申请之后，他们应该要在两个月内进行处理。如果没有处理，或者不服这个处理决定，被征收人可以进行行政诉讼或行政复议。如果已经收到了房屋征收补偿决定，不满意房屋征收补偿决定，也可以提起行政诉讼或申请行政复议。
以上就是无证自建房和违章建筑的区别，还有一些遇到无证自建房问题的处理方法。大家面对拆迁时，一定要多了解相关知识，这样才能保证自己的利益不受到伤害。
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