农村回迁房买卖的程序是：签订合同、支付房款、办理房产证、交纳税费、办理过户等，具体情况下可以根据双方协商并达成的一致意见来进行合法的处理，并按照房地产管理部门的有关规定来办理。
一、农村回迁房买卖的程序是什么?
1. 凭拆迁证明和身份证签订购房合同并结算房款。
2. 按合同规定交房款并取回发票。
3. 凭拆迁证和购房合同等到房产交易中心大厅办理房产证手续。
4. 视房屋面积大小减免部分或全部契税。
5. 凭房产证和契证到国土资源局办理土地证手续。
二、与商品房的区别
回迁房的概念源于拆迁，这是中国特殊的拆迁政策的产物。拆迁安置过程中，采取货币补偿的方式，拆迁户用补偿款购买商品房与普通人购买商品房没有任何区别，都是花钱买房，购房者的身份是相同的。采取的是回迁的方式补偿，拆迁房不是商品房，不能当作商品房出售，二者之间存在一些区别：
1、在房价款方面，商品房与拆迁房有区别，商品房可立即上市，且在银行做抵押进行贷款。而回迁房享受国家政策的优惠，不含土地转让金，价格相对低廉且有小产权之说，故不享有商品房的上述权能。拆迁人以回迁房补偿被拆迁人的，补偿房屋由市政府有关主管部门参照经济适用住房政策核定价格，并按照经济适用住房政策管理。
2、商品房和回迁房买卖双方的关系不同，商品房的购买基础是开发商和购房者签订的《商品房买卖合同》，房屋的价款在合同中进行约定。而拆迁安置房屋的购买基础是拆迁单位和被拆迁人签订的拆迁补偿协议，在协议中进行约定。
另外，拆迁的是商品房，回迁房自然应当是商品房。拆迁的是集体土地上的私房，或者是经济适用房，回迁房的性质一般不是商品房。购买回拆房一定要查清性质。经济适用房不得买卖;集体土地上的私房拆迁的回迁房，回迁房的所占土地性质，一般是划拨所得，没有交土地出让金，正式办理过户手续时，需交土地出让金。
对于回迁房的买卖情况，是需要严格基于上述法律中规定的程序和要求来进行处理的，特别是不同的房产情况，所认定的处理事项是不同的，如果对相关情况的处理不清楚的，可以咨询当地的土地管理部门，并依据实际来进行合法的处理。
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