公安机关在侦查强奸未成年的案件时会搜集相关的证据，如体液、毛发、残留物等等，根据案发现场，以及受害人本身来搜证，其次，会对受害人进行笔录取证，从而追查犯罪嫌疑人，再对犯罪嫌疑人进行取证。
一、公安机关侦查强奸未成年需要什么证据
公安机关侦查未成年人被性侵害案件，应当依照法定程序，及时、全面收集固定证据。及时对性侵害犯罪现场进行勘查，对未成年被害人、犯罪嫌疑人进行人身检查，提取体液、毛发、被害人和犯罪嫌疑人指甲内的残留物等生物样本，指纹、足迹、鞋印等痕迹，衣物、纽扣等物品;及时提取住宿登记表等书证，现场监控录像等视听资料;及时收集被害人陈述、证人证言和犯罪嫌疑人供述等证据。
二、对方未满14周岁发生性行为是否属于强奸罪
关于与不满十四周岁的幼女发生性关系是否要求明知才构成犯罪的问题，我国司法实践及有关规范性文件一直坚持区别对待的原则：对于以暴力、胁迫等强制手段与幼女发生性关系的，不论行为人是否明知被害人是幼女，都应当依法认定为强奸罪，这是司法实践一贯作法。对于未采取强制手段与幼女发生性关系的案件，我国刑法实践及理论一直坚持罪过责任原则，即行为人应具备明知认识，最高人民法院、最高人民检察院、公安部、司法部《关于依法惩治性侵害未成年人犯罪的意见》(以下简称《性侵意见》)再次重申了这一原则，意见第19条规定，知道或者应当知道对方是不满14周岁的幼女，而实施奸淫等性侵害行为的，应当认定行为人“明知”对方是幼女。
《性侵意见》进一步明确了“明知”的认定原则标准，实际执法办案中，应根据最新的指导意见规定，充分考虑特殊保护幼女的刑事政策导向，合理把握认定明知的标准，具体而言：
其一，与不满12周岁的被害人发生性关系的，一律认定行为人“应当知道”对方是幼女。
其二，对实际年龄已满12不满14周岁的被害人，如果从其身体发育状况、言谈举止、衣着特征、生活作息规律等观察，该被害人可能是幼女，而实施奸淫等性侵害行为的，也应当认定行为人“明知”对方是幼女。需要指出的是，对此类案件中行为人辩解“不明知”被害人是幼女的例外情况应当从严把握：一是必须确有证据或者合理依据证明行为人根本不可能知道被害人是幼女;二是行为人已经足够谨慎行事，仍然对幼女年龄产生了误认，即使其他正常人处在行为人的场合，也难以避免这种错误判断;三是客观上被害人身体发育状况、言谈举止、衣着、生活作息规律等特征确实明显更像已满十四周岁。比如，与发育较早、貌似成人、虚报年龄的已满12不满14周岁的幼女，在谈恋爱和正常交往过程中，双方自愿发生了性行为，确有证据证实行为人不可能知道对方是幼女的，才可以采纳其不明知的辩解。相反，如果行为人采取引诱、欺骗等方式，或者根本不考虑被害人是否是幼女，而甘冒风险对被害人进行奸淫等性侵害的，一般都应当认定行为人明知被害人是幼女，以实现对幼女的特殊保护，堵塞惩治犯罪的漏洞。
强奸罪的证据包含了生物样本以及物证等等，比如体液、毛发、指甲残留物等等证据，再比如指纹、衣物、监控等等物证，最后再有笔录进行取证。
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