土地征收时拆迁款纠纷由征地主管部门处理，因为被拆迁人对拆迁补偿有争议是可以申请行政复议的，行政复议的受理部门就是征地主管部门，除了征地主管部门之外还可以向法院起诉解决。
一、土地征收时拆迁款纠纷谁来解决?
拆迁款纠纷可以找征地主管部门解决，也可以向法院提起行政诉讼。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第二十六条
房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
补偿决定应当公平，包括本条例第二十五条第一款规定的有关补偿协议的事项。
被征收人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼。
二、拆迁款纠纷的行政复议申请书应载明哪些内容?
1、行政复议申请书的首部应写明申请人和被申请人的基本情况。
2、复议书中应写明申请人知道行政机关作出具体行政行为的日期和争议的具体行政行为。
3、写明申请复议的目的、要求。
4、事实与理由。
三、土地征收时拆迁款包括哪些?
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
四、土地征收时拆迁款的发放流程有哪些?
1、拆迁调查及工程预算。由拟申请单位组织《房屋拆迁许可证》;
2、拆迁管理部门对申请单位申报材料进行审核。
3、拆迁部门发布《房屋拆迁许可证》和同时发布《拆迁通告》，正式启动拆迁工作;
4、拆迁部门组织被拆迁人投票确定评估机构;
5、入户调查(评估机构评估调查、实施单位开展的附着、装修调查);
6、评估结果予以公示;
7、发布并交付评估报告;
8、正式开始讨论签署城市房屋拆迁补偿安置协议;
9、搬家、腾退房屋、转钥匙、领取补偿金。
拆迁款应当由征地主管部门直接支付给房屋产权人，拆迁款纠纷的类型也非常多，如果是民事主体之间对拆迁款的分配发生纠纷，可以向法院提起民事诉讼，对政府的拆迁补偿标准有争议的才能提起行政诉讼。因此，拆迁款纠纷谁来解决的这个问题要根据发生纠纷的原因分析。
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