企业缴纳的补充医疗保险、补充养老保险所得税前扣除按工资总额的5%是怎么扣？
不超过从业人员工资总额5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
根据《个体工商户个人所得税计税办法》：
第二十二条 个体工商户按照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为其业主和从业人员缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、生育保险费、工伤保险费和住房公积金，准予扣除。
体工商户为从业人员缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过从业人员工资总额5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
个体工商户业主本人缴纳的补充养老保险费、补充医疗保险费，以当地（地级市）上年度社会平均工资的3倍为计算基数，分别在不超过该计算基数5%标准内的部分据实扣除；超过部分，不得扣除。
为职工缴纳的补充养老保险和补充医疗保险税是否可以税前扣除？
企业为职工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，在国务院财政、税务主管部门规定的范围和标准内，准予扣除。
《中华人民共和国企业所得税法》实施条例第35条
自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，未在本其职工支付的补充养老保险费，补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
补充养老金税前扣除
自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。企业为部分员工支付补充养老保险费和补充医疗保险费的，应将全体职工合理的年均工资乘以参保人数之积，作为计算补充养老保险费和补充医疗保险费税前扣除的基数，并按照税收规定的标准税前扣除。
【法律依据】
《中华人民共和国社会保险法全文》第十二条用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费，记入基本养老保险统筹基金。职工应当按照国家规定的本人工资的比例缴纳基本养老保险费，记入个人账户。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员参加基本养老保险的，应当按照国家规定缴纳基本养老保险费，分别记入基本养老保险统筹基金和个人账户。
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