对于没收的烟叶一般是由烟草专卖行政主管部门进行处罚，由收购方按照购买金额缴纳相关烟叶税。一般来说如果擅自收购烟叶的，会以收购金额罚款百分之二十到百分职务是。如果收购重量达到了一千公斤以上的话，那么可以没收违法所得。
一、一般对没收的烟叶是由谁处理
依照《中华人民共和国烟草专卖法》查处没收的违法收购的烟叶，由收购罚没烟叶的单位按照购买金额计算缴纳烟叶税。
《中华人民共和国烟草专卖法》第十条;烟叶由烟草公司或者其委托单位按照国家规定的收购标准、价格统一收购，其他单位和个人不得收购。 烟草公司及其委托单位对烟叶种植者按照烟叶收购合同约定的种植面积生产的烟叶，应当按照国家规定的标准分等定价，全部收购，不得压级压价，并妥善处理收购烟叶发生的纠纷。
第三十条违反本法规定擅自收购烟叶的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，并按照国家规定的价格收购违法收购的烟叶;数量巨大的，没收违法收购的烟叶和违法所得。
根据《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》中华人民共和国国务院令第223号第五十四条：依照《中华人民共和国烟草专卖法》第三十条规定处罚的，按照下列规定执行：
(一)擅自收购烟叶的，可以处非法收购烟叶价值百分之二十以上百分之五十以下的罚款，并按照国家规定的价格收购违法收购的烟叶;
(二)擅自收购烟叶1000公斤以上的，依法没收其违法收购的烟叶和违法所得。
二、非法经营罪的认定标准
违反国家规定，进行非法经营活动，扰乱市场秩序，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉:
(一)违反国家有关盐业管理规定，非法生产、储运、销售食盐，扰乱市场秩序，具有下列情形之一的:
1.非法经营食盐数量在二十吨以上的;2.曾因非法经营食盐行为受过二次以上行政处罚又非法经营食盐，数量在十吨以上的。
(二)违反国家烟草专卖管理法律法规，未经烟草专卖行政主管部门许可，无烟草专卖生产企业许可证、烟草专卖批发企业许可证、特种烟草专卖经营企业许可证、烟草专卖零售许可证等许可证明，非法经营烟草专卖品，具有下列情形之一的:
1.非法经营数额在五万元以上，或者违法所得数额在二万元以上的;
2.非法经营卷烟二十万支以上的;
3.曾因非法经营烟草专卖品三年内受过二次以上行政处罚，又非法经营烟草专卖品且数额在三万元以上的。
(三)未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货、保险业务，或者非法从事资金支付结算业务，具有下列情形之一的:
1.非法经营证券、期货、保险业务，数额在三十万元以上的;
2.非法从事资金支付结算业务，数额在二百万元以上的;
3.违反国家规定，使用销售点终端机具(POS机)等方法，以虚构交易、虚开价格、现金退货等方式向信用卡持卡人直接支付现金，数额在一百万元以上的，或者造成金融机构资金二十万元以上逾期未还的，或者造成金融机构经济损失十万元以上的;
4.违法所得数额在五万元以上的。
(四)非法经营外汇，具有下列情形之一的:1.在外汇指定银行和中国外汇交易中心及其分中心以外买卖外汇，数额在二十万美元以上的，或者违法所得数额在五万元以上的;
2.公司、企业或者其他单位违反有关外贸代理业务的规定，采用非法手段，或者明知是伪造、变造的凭证、商业单据，为他人向外汇指定银行骗购外汇，数额在五百万美元以上或者违法所得数额在五十万元以上的;
3.居间介绍骗购外汇，数额在一百万美元以上或者违法所得数额在十万元以上的。
如果有非法售卖和经营食盐的现象，或者未经烟草部门许可售卖烟草的，达到一定数额则会追究相关当事人的刑事责任。同时非法经营证券达到三十万的或者是经济支付结算业务达到两百元以上的，会以非法经营罪判处。
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