发放最低工资标准不会再扣除社保，应发放的最低工资标准是已经扣除社保。工资低于最低工资标准的可以向当地劳动保障监督机构投诉或者向劳动争议仲裁机构申请仲裁。
一、发放最低工资标准还会扣除社保吗
发放最低工资标准不会扣除社保，社保由公司从个人月工资中扣除，如果应发工资（扣除社保前的工资）不低于当地最低工资标准就是合法的。知芒网提示，《最低工资规定》第五条，最低工资标准一般采取月最低工资标准和小时最低工资标准的形式。月最低工资标准适用于全日制就业劳动者，小时最低工资标准适用于非全日制就业劳动者。
第六条，确定和调整月最低工资标准，应参考当地就业者及其赡养人口的最低生活费用、城镇居民消费价格指数、职工个人缴纳的社会保险费和住房公积金、职工平均工资、经济发展水平、就业状况等因素。
确定和调整小时最低工资标准，应在颁布的月最低工资标准的基础上，考虑单位应缴纳的基本养老保险费和基本医疗保险费因素，同时还应适当考虑非全日制劳动者在工作稳定性、劳动条件和劳动强度、福利等方面与全日制就业人员之间的差异。
月最低工资标准和小时最低工资标准具体测算方法见附件。
二、工资低于最低工资标准怎么办
工资低于最低工资标准的处理：如果发现自己的工资低于当地最低工资标准，可以向当地劳动保障监督机构投诉，也可以向当地劳动争议仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
根据《最低工资条例》，在劳动者提供正常劳动的情况下，用人单位应支付给劳动者的工资不得低于当地最低工资标准：
（一）延长工作时间工资；
（二）中班、夜班、高温、低温、井下、有毒有害等特殊工作环境，条件下的津贴；
（三）法律、法规和国家规定的劳动者福利待遇。
三、什么是最低工资，适用于哪些情况
最低工资指劳动者在法定工作时间提供了正常劳动的前提下，其用人单位支付的最低金额的劳动报酬。
适用情况：
1.双方当事人约定的劳动者在未完成劳动定额或承包任务的情况下；
2.试用、熟练、见习期间，在法定工作时间内提供了正常劳动；
3.企业下岗待工人员和女职工因生育、哺乳请长假而下岗的；
4.职工患病或非因工负伤治疗期间。
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