自离工资扣一半不合法。用人单位对于劳动者自动离职可以予以进行一定的赔偿，但不得超过劳动者当月工资的20%。自离的后果有会导致劳动者与用人单位的劳动关系解除，同时可能会导致用人单位遭受一定的损失，劳动者需要承担相应的赔偿责任。
一、自离工资扣一半合法吗
自离工资扣一半不合法。如果因为劳动者的离职给用人单位造成一定损失的，用人单位是可以要求劳动者进行一定赔偿的。知芒网提醒您，对于用人单位无故克扣其工资的行为，劳动者可以向当地的劳动监察部门进行投诉或者申请劳动仲裁。
法律依据：
《工资支付暂行条例》第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、自离会有什么后果
自离会有下列后果：
1.劳动者与用人单位之间的劳动合同关系会解除；
2.离职未经用人单位同意或者没有和用人单位协商就自行离职，给用人单位造成损失的，劳动者还应当承担赔偿责任。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
三、自离的注意事项
自离有以下注意事项：
1.自动离职的职工须承担违约责任，对原用人单位造成经济损失的，录用自动离职职工的用人单位，应承担连带赔偿责任；
2.如果职工要求停薪留职，但未经企业批准而擅自离职的;或停薪留职期满后1个月内既未要求回原单位工作，又未办理辞职手续的，企业有权按自动离职处理；
3.企业通知请假、放长假、长期病休职工在规定时间内回单位报到或办理有关手续，应遵循对职工负责的原则，以书面形式直接送达职工本人;本人不在的，交其同住成年亲属签收；
4.企业因故通知停薪留职期限未满的职工在规定时间内回单位报到或办理有关手续，也按上述规定的方式通知本人，在此基础上，企业方可按有关规定及停薪留职协议对其做除名或自动离职处理。
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