在单位工作，用人单位乱扣工资的，此时是可以由被扣工资的劳动者和乱扣工资的用人单位协商处理的，如果是协商不成的，此时是可以向当地的劳动仲裁部门提出劳动仲裁的，在必要的时候，也是可以向人民法院提起诉讼的。
一、在单位工作乱扣工资怎么办？
可以拿着工资发放凭证先向仲裁委员会机关申请仲裁，如果对仲裁裁决不服，才可以向人民法院提起诉讼。也可以直接向人民法院支付令，用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
工作过程中要是遇到用人单位无故克扣工资的情况，可以向单位所在地的劳动行政部门进行投诉，按照规定劳动行政部门是会责令单位及时补足克扣的工资，当然还可以格外要求单位作出相应的赔偿。若是这种投诉无法解决的话，还可以申请劳动仲裁或者提起劳动诉讼。
用人单位无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
因此，如用人单位克扣或无故拖欠员工的工资，员工有权要求用人单位支付，如用人单位仍不肯支付，员工可以向有关的劳动行政部门举报。由劳动行政部门责令用人单位支付工资，并支付经济补偿及赔偿金。当然员工也可以向劳动仲裁委员会提起仲裁，由劳动仲裁委员会判令用人单位支付工资、经济补偿、赔偿金。
二、单位能扣员工工资吗?
四种情况下，用人单位可以合法扣减职工工资，并明确扣减的额度限制。
1、职工因个人主观原因没有完成生产任务，并非身体问题等所致，单位可扣减其工资。扣后工资不能低于本市最低工资标准。
2、职工违反劳动纪律，并造成单位损失时。单位因此扣减工资，每月扣减比例必须小于该职工月工资的20%。
3、职工请事假，按照缺勤一天扣一天的工资计算。
4、职工请病假，按照病假工资发放，可以扣减其绩效或生产性奖励等。
首先，用人单位必须向职工公示工资制度;其次，制定福利和惩罚等规章制度，必须与职工进行民主协商;同时，对于用人单位违反《劳动合同法》的规章制度，职工有权提出纠正。
在一些情况下，其实用人单位是可以从员工每个月的工资报酬中为其代扣代缴社保费用和个人所得税的，然而这些情况下就不能认定单位是在克扣工资，因此实践中就需要我们正确区分合法的代扣工资与克扣工资。若是单位存在后一种情况，那么就属于违法行为，劳动者可以采取法律手段进行维权。
我国的法律法规是严格的保护我国的劳动者的权益的，比如说劳动者获得报酬、休息休假的权利等，这些权力都是用人单位在和劳动者的劳动关系存续期间需要保障的，如果是用人单位出现了违法扣除劳动者工资的情形的，此时是需要承担责任的。
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