如果学校制定的关于后勤员工加班工资发放方案违法，可以向当地的劳动行政主管部门投诉，《劳动法》规定，公司制定的相关规章制度违反法律规定的，劳动行政主管部门应该对公司进行警告，如果相关规定已经损害了劳动者合法权益，公司应该承担相应的赔偿责任。
一、学校后勤员工加班工资发放方案违法怎么办?
学校后勤员工加班工资发放方案违法的，可以向劳动行政部门投诉。
《劳动法》第八十九条 用人单位制定的劳动规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门给予警告，责令改正;对劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
二、加班工资的计算依据是什么?
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬;
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬;
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
三、后勤员工被拖欠加班工资申请仲裁需准备哪些材料?
1、劳动仲裁申请书。
2、申请人身份证明及复印件。
3、有委托代理人的，需当面签定并提交《授权委托书》，注明委托事项，同时提交受委托代理人的身份证复印件。
4、被申请人工商注册信息资料。
5、申请人与被申请人存在劳动关系的证明材料。
6、《提交证据材料清单》一式两份。
四、后勤员工被拖欠加班工资的仲裁流程有哪些?
1、提交申请书：当事人申请仲裁，应当提交书面仲裁申请书，并按照被申请人数提交副本。
2、仲裁受理：仲裁委员会应当自收到仲裁申请之日起五日内作出受理或者不予受理的决定。仲裁委员会决定受理的，应当自作出决定之日起五日内将申诉书副本送达被申请人。决定不予受理的，应当说明理由。
3、开庭审理：仲裁庭应当于开庭的五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉自理，对被申请人可以做缺席裁决。
4、仲裁调解：仲裁庭处理劳动争议应当先行调解，在查明事实的基础上促使当事人双方自愿达成协议。调解达成协议的，仲裁庭应当根据协议内容制作调解书，调解书自送达之日起具有法律效力;调解未达成协议的，仲裁庭应当及时裁决。
5、仲裁裁决：仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经批准可以延期并书面通知当事人，延长期限不超过十五日。仲裁庭裁决后应当制作仲裁书送达双方当事人。当事人对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起十五日内，可以向人民法院起诉;期满不起诉的，裁决书即发生法律效力。
事实上，不管员工的工作岗位具体是怎样的，加班工资的发放标准都是国家法律制度明确规定的，比如国家规定的法定节假日的加班工资是平时工资收入的三倍，但是学校制定的发放方案却是按照工资收入的两倍计算的，这样的发放方案并不具有任何法律效力。
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