合伙协议纠纷是2011年新修改后的《民事案件案由规定》规定在合同纠纷项下的二级案由，不同于“与公司、证券、保险、票据等有关的民事纠纷”项下的合伙企业纠纷，它是针对个人合伙产生的民事纠纷设立的案由，其法律适用主要见于《中华人民共和国民法通则》中个人合伙部分及《若干问题的意见》中关于个人合伙的相关规定。
因为个人合伙较合伙企业及联营的组织形式相对简易，合伙主体通常具备一定的信用基础，民间运用较为普遍。但通常个人合伙存在管理不规范、账目不清、合伙收入支出证据难以举示及合伙清算存在各种人为障碍等原因，加之我国现行法律中用以指导个人合伙纠纷案件审理的内容过于单一，使得合伙协议纠纷案件成为合同纠纷案件中的难点之一。
一、个人合伙的形式及经营特点易导致合伙协议纠纷案件难审理
个人合伙是指两个以上公民按照协议，各自提供资金、实物、技术等，合伙经营、共同劳动。个人合伙组织易于发起，且组织形式较为随意，当事人可以口头约定合伙协议，实际经营中也可以及时对合伙事务及相关约定进行调整，故对不少创业者具有不小的吸引力。
但与合伙企业和联营相比，后者要求订立书面合同，通常对相互间的权利义务作出充分的界定，合伙企业经营中发生纠纷，可以依据合伙各方签订的合伙协议界定双方的责任，同时，在相关约定不明确的时候，可以适用《中华人民共和国合伙企业法》相关规定。但个人合伙由于其组织的松散性带来的权利义务不够明确、财务账目管理不够规范，合伙经营事务不够清晰透明，由此带来合伙人之间的分歧、失信，进而导致个人合伙产生纠纷。正是因为个人合伙存在上述实践困境，当合伙人发生纠纷时，审理中会产生诸多较难处理的问题。首先，原告的诉讼请求往往不够明确或不符合法律相关规定要求。如当事人起诉要求返还出资款、合伙财产转让费、赔偿经营亏损的损失或者支付合伙亏损补偿款等，这些诉讼请求体现了当事人对个人合伙的诸多错误认识，这也对此类案件的审理带来诸多障碍。
二、相应法律及司法解释的缺位是合伙协议纠纷案件审理的另一难点
广义的合伙包括合伙企业和联营在内，但合伙企业和联营均有相应的法律及司法解释来指导审判实践，如《合伙企业法》及《最高人民法院关于审理联营合同纠纷案件若干问题的解答》等，而审理合伙协议纠纷可资利用的法律主要就是《民法通则》及《民通意见》中关于个人合伙的相关内容。法律规定的缺失使得诸多合伙协议纠纷的处理程序及实体问题更多的是依赖法官对整体法律精神和内涵的把握及对具体案情的深入评判上。个人合伙也会遇到像合伙企业及联营同样性质的纠纷，如分割合伙财产，合伙陷入僵局后如何清算等。个人合伙无法适用合伙企业的相关法律规定，缺少实践中明确的可操作规范，难以统一适用法律、统一裁判尺度。
三、合伙协议纠纷常见疑难问题及应对策略
1、个人合伙关系的认定。实践中，个人合伙关系与借贷关系、雇佣关系、租赁关系等其他法律关系的界限不是十分明确，当事人往往会产生误判。能否明确各方的合伙关系，事关纠纷性质的认定。在审理上，要注重审查各方是否存在合伙协议及协议约定的具体内容。不存在合伙协议或各方对协议成立、效力有较大争议的，则要注意审查双方在实际经营中是否存在利润分配方案、合伙事务管理方案及相应记录材料。同时注意考察是各方提供资金、实物、技术等情况，是否合伙经营，共同劳动。当事人一方仅向合伙组织提供特定财物的使用权，不参加合伙经营、劳动，不参加合伙的盈余分配，不承担合伙经营风险责任，仅以提供财物获得固定收人，则可以认定为租赁关系；一方向合伙组织或合伙人提供资金，并以此收取固定利息，不参加合伙经营、劳动，不参加合伙盈余分配，不承担合伙经营风险责任的，应认定为借贷关系；一方虽然参加合伙经营、劳动，但不参与合伙组织的盈余分配，不承担合伙经营的风险责任，只获取固定报酬的，则应认定为雇佣关系。
2、合伙协议无效是否产生返还出资财产的问题。个人合伙协议中各合伙人的出资并不构成对价关系，其与买卖合同中合同当事人存在的利益对应性不同。合伙人的出资构成合伙组织的财产，系合伙组织的收益。因此，在合伙协议被认定无效时，一方要求退还出资款，不能机械适用《合同法》第58条合同无效返还财产的规定，应当区别不同情况对待：
一是合伙协议成立后，尚未开始营业，则由合伙组织将出资款返还给出资的合伙人，有过错的合伙人承担缔约过失责任。
二是合伙协议成立后开始营业活动，则应区别对待：首先，该无效宣告仅对宣告之后的情形产生效力，合伙人应共同对营业期间的合伙事务处理方法完全按照合伙协议有效的情形操作。第二，清算之后，合伙财产有剩余的，应当由合伙组织按协议或法律规定返还给出资的合伙人。最后，其他合伙人对于合伙协议无效负有责任的合伙合同当事人，可以依据合同法追究其缔约过失责任，承担信赖利益受损的赔偿责任。
3、合伙账目核对及合伙财产清算问题。针对合伙未经清算是否可以起诉的问题，存在不同意见。一种意见援引《合伙企业法》的做法，认为合伙未经清算，不得要求分割合伙财产，而且主张在合伙未清算、账目无法查清的情况下，分配盈余、结算亏损就缺乏相应依据。但《民法通则》未对个人合伙的终止结算义务加以规定，合伙清算也非诉讼的前置程序，所以，合伙协议未经清算不影响原告的诉权。实践中，也常常是因为合伙协议清算陷入僵局，合伙人不得已才选择诉讼救济方式的。同时，对合伙协议账目不清，清算陷入僵局的情况下，一味要求当事人进行审计或会计核算理清账目，如账目无法理清则适用举证规则驳回原告起诉的现实做法也有悖合伙协议纠纷这一诉讼案由设立的初衷。具体案件审理过程中，可以采用《民诉法》“人民法院审理案件，其中一部分事实已经清楚，可以就该部分先行判决”的规定，对账目清楚的部分，比如合伙人的出资、购置的固定财产、机器设备等的折价收益，均可按照合伙协议的约定或合伙人的出资比例先行确定该部分合伙财产的清算分割问题。对其他存在争议的账目上，则尽量在先行法律规定的框架内，尽量核实证据、减少纠纷，同时利用合伙当事人主体间的信任基础，通过调解工作，尽力维护当事人的利益。
4、针对合伙协议纠纷在诉求、答辩上存在的偏差，应积极发挥法官的释明作用，对诉讼请求是否恰当、请求权基础是否明确、答辩主张或理由的清楚完整及申请调查取证、委托审计、鉴定的权利及适用情形等情况，加以释明，尽可能地使诉讼渠道畅通。同时从审判实践出发，利用生效司法裁判来指导当事人增强风险防范的意识，尽量明晰合伙各方的权利义务关系，在合伙经营中加强账目清查，规范合伙事务的管理，力争减少纠纷。在纠纷出现后，各方当事人的权利义务状态尽可能处在较为明确的状态上。
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