国有土地使用权收回协议的性质，究竟是民事合同还是行政协议，一直存在争论。因其基础——国有土地使用权出让合同的性质，相同的争论也由来已久，一直未能达成共识。
行政协议是个比较新的概念，出现的时间较短。行政协议正式纳入到行政诉讼受案范围，始于2015年5月1日修正的《行政诉讼法》。2020年1月1日起施行的《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（下称《行政协议司法解释》）第一条对行政协议作了一个基本的定义，即行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。
《行政协议司法解释》第二条规定将矿业权等国有自然资源使用权出让协议纳入到行政协议范围。《辞海》对自然资源的定义，指天然存在并有利用价值的自然物，如海洋、气候、水利、生物、矿藏、土地等资源。而在我国，把管理国有土地的部门称之为“自然资源局（委）”。由此可见，国有土地属于自然资源。而《国有土地使用权出让协议》，签订一方是土地行政管理部门，是行政机关，另一方是公民、法人或者其他组织，订立协议的目的是为了实现公共利益，或者实现对珍贵的土地资源的有效合理利用的行政管理目标，行政机关具有行政法上的权利，亦具有行政协议的义务，符合行政协议的特征。
湖南省的《行政程序规定》，将《国有土地使用权出让协议》列为行政协议。因此，我们认为，《国有土地使用权出让协议》属于行政协议。持此观点的有最高法（2020）最高法行申11747号、11748号、11749号、11751号、11753号行政裁定，且最高法（2020）最高法行申3496号、7150号裁定，对《国有土地使用权出让协议》争议均持以行政诉讼程序处理的态度。
与《国有土地使用权出让协议》相对的《国有土地使用权收回协议》，我们认为，其性质也应当是行政协议。因为《中华人民共和国土地管理法》第五十八条规定了国有土地使用权收回几种法定情形。1.为城市规划实施旧城区改建或其他公共利益；2.《土地出让使用协议》等有偿合同约定的期限届满，而土地使用者没有续期；3.原划拨国有土地因单位撤销、迁移等原因停止使用；4.矿场、机场、铁路、公路等经核准报废。其中第一种情形应当进行适当补偿，可以由土地行政管理部门与土地使用权人达成土地使用权有偿收回补偿协议。《闲置土地处置办法》第八条规定了国有土地应当认定为闲置土地的情形，土地使用权可以根据该办法第十二条第一款第（四）项协议有偿收回，或者根据第十四条第（二）项规定无偿收回。
可见，国有土地使用权的收回，是土地行政管理部门依照前述法定情形行使行政管理权的结果，与土地使用权人达成的《国有土地使用权收回协议》，具有行政协议的性质。
最高院的一些司法观点对此也持肯定态度。例如，最高院（2017）最高法行申8467号行政裁定认为，对国土资源管理部门与国有土地使用权人之间协议收回国有土地使用权的行为不服，可以提起行政诉讼。（2016）最高法行申947号裁定认为，区土储中心与土地使用权人签订的国有土地使用权收回协议属于行政协议。
而最高院另一些司法观点、判例和司法文件则认为，国有土地使用权出让协议和收回协议属于民事合同。
关于此类争议，最高院一巡《关于行政审判法律适用若干问题的会议纪要》认为，《国有土地使用权出让协议》属于典型的行政协议，但因最高院《关于审理涉及国有土地使用权合同纠纷案件适用法律问题的解释》依然有效，该解释认为国有土地使用权出让协议纠纷应当作为民事案件受理，而现行的《行政诉讼法》和《行政诉讼相关司法解释》尚未明确此类协议属于行政诉讼受案范围，当事人如果选择民事诉讼，人民法院应当尊重。可以看出，解决争议是最重要的，救济途径的选择应当尊重当事人的意见。
我们坚持将《国有土地使用权收回协议》认定为行政协议的意义，在于一旦发生争议，将交由人民法院行政诉讼程序解决，一方面可以监督土地行政管理部门依法行使职权，对行政机关利用国家强权地位进行不平等协商的行为予以纠正，另一方面对于诉讼费的承担和举证责任的分配，行政诉讼相比民事诉讼更有利于土地使用权人。
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