商铺出租使用阴阳合同违法，是属于采取欺诈或者隐瞒的手段虚假纳税的情况，是需要追究有关法律责任的，具体情况下达到了立案标准的，是需要追究有关刑事责任的，具体情况结合实际而定。
一、商铺出租使用阴阳合同违法吗?
商铺出租使用阴阳合同违法，在我国相关法律法规都表明订立“阴阳合同”是一种逃税的违法行为，税务机关一旦发现，可根据《税收征收管理法》对双方偷逃税款的行为予以行政处罚。交易双方的行为如触犯《刑法》，有可能构成偷税罪。阴阳合同在给当事人带来“利益”的同时，也预示着风险。“阴合同”显示买卖双方真实的成交价格，而“阳合同”则根据使用需要有所不同，一种是虚高的房价合同交给银行，以申请更多按揭贷款;另一种是填低房价的合同交给房地产交易中心过户，以便少交税。实际交易中，买卖双方为达到避税或其他目的，向有关部门登记时用一张合同，通过少报价格或少报面积的方式，降低买卖合同标的，报低价格少纳税，称为“阳合同”;卖家与买家另签一份合同，作为实际支付交易金额的合约并实际履行，称为“阴合同”。
根据《刑法》第201条明确规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
二、法院对于阴阳合同的认定
阴阳合同在相当长的时间里都是一种客观现象，短期内也不可能完全消除，因而，老百姓、政府机关、法院都是知道的，法院审判也相对比较宽松，除非差价太大，往往根据违约情形选择适用对违约方不利的规定。具体可分为以下几种情形：
1、对于差价以装修名义并且差价较小的，一般认定合同有效。
2、对于差价太大，一般会认定无效。
3、对于卖方不想卖，主张中介与买方恶意串通以低价过户损害其利益的，一般认定合同有效但过户价格条款无效。
4、对于买方不想买而主张卖方避税，或者签现售后只想以现售合同上的低价买，一般认定合同有效但过户价格条款无效。
5、对于双方仍想交易但过户时一方主张以真实价过户，另一方拒绝的，会调解，调解不成则认定合同不成立。
6、没签过户确认书，现售价变少的，视为双方意思变更，现售合同有效。
对于阴阳合同的具体认定和处理情况，是需要严格基于上述法律中规定的程序和要求来进行处理的，特别是不同的涉案情况所认定的相关事项是不同的，因阴阳合同造成了国家税收损失或者逃税的行为是需要追究刑事责任的。
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