检察院刑事申诉的程序是由司法机关进行立案处理，然后再进行审查，最后对审查结果进行处理，对于刑事申诉是有两种，一种是对检察院不起诉的决定，不服，另外一种是对已经发生效力的判决不服。
1、刑事申诉的立案。
刑事申诉的立案，是指司法机关接受申诉权人申诉的法定诉讼形式。人民法院收到申诉后，均应登记，认真审阅。原审人民法院审查、处理刑事申诉，均应立卷。这就说明，申诉权人提出申诉时，人民法院或人民检察院对属于本院管辖的，都应采取文书形式立案。至于申诉立案得具备什么条件的问题，不应过于苛求。只要初步确认申诉人具备申诉主体资格，在法定期限内，具状提出一定理由。管辖法院或人民检察院即应予以立案审查。
2、刑事申诉的审查
人民法院或人民检察院接受申诉后应进行全面审查，不应受申诉人提出的申诉理由的限制。审查的内容应包括：
(l)案件事实。弄清案件事实是审查申诉的首要任务。审查时，应调出原审案卷进行审查，对申诉人提出的申诉理由、提供的证据进行分析研究，并与案卷认定的事实相对照，以确定原判决认定的事实是否清楚、明确，证据是否确实、充分。如果发现了新事实，则要查明是否有充分的证据为根据。
(2)适用法律是否正确。这是审查申诉的法律方面的重要内容。所谓适用法律，是指应以判处当时有效的法律为依据。一般不能依据新法律翻过去的老案。只有为纠正过去错误的法律而制定的相应的新法律，才能作为申诉审查和再审审理的依据。
3、审查结果的处理
原终审人民法院对刑事申诉进行审查后，认为原判决、裁定正确的，则说服、教育申诉人，使其服判息诉;对坚持无理申诉的，可以用书面通知驳回。并告之申诉人不能再行申诉。审查后，如果发现原判确有错误需要重新审判的，应按审判监督程序另行组成合议庭进行再审。
在我国实行的是二审终审制，对于终审判决是不能够再进行上诉的，但是如果确实有证据证明存在错误的话，那么是可以提起申诉的，一般是向法院或者是检察院提起申诉，然后立案处理，再由法院或者是检察院进行审查，最后出具审查结果。
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