专利转让合同纠纷通过协商、调节、诉讼的方式来解决。主要是包括专利转让权纠纷和专利实施许可合同纠纷、专利技术中介合同纠纷，出现专利转让合同纠纷并且案件情况比较复杂的时候应该要向当地法院申请诉讼处理。
一、专利转让合同纠纷处理方式
通过协商、调解、诉讼的方式来解决专利转让纠纷。
1.调解
2.仲裁。仲裁是仲裁机构对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。合同纠纷的仲裁前提，必须是在合同中规定有明确清楚的仲裁条款，或者在产生纠纷后双方达成进行仲裁处理的协议。仲裁的决定对双方都具有法律的拘束力，必须执行，对不履行仲裁裁决的，另一方可申请人民法院强制执行。
3.诉讼。诉讼是指专门的司法机关，即人民法院按照《民事诉讼法》 的规定对合同纠纷进行审理和裁决的一种处理方法。这也是目前使用最普遍的一种方法。对于专利合同纠纷，如果合同中未规定仲裁条款，纠纷发生后，又未达成仲裁协议，纠纷双方均可依法向有管辖权的人民法院提起诉讼，人民法院按照诉讼程序对专利合同纠纷作出审理裁判。由于调解并不发生法律效力，因此，国家并未专门设置调解合同纠纷的机构。可见，处理合同纠纷的机构就只有进行仲裁的仲裁机构和进行诉讼的人民法院。
二、专利诉讼技巧
1、研透专利技术
对于技术性很强的专利诉讼，研究分析并吃透专利技术及相关的技术，是非常重要的。在认定某一技术是否构成侵权、是否属于公知技术、是否属于显而易见的技术等等，都需要有一定的技术知识。不钻研专利技术是很难胜任专利诉讼的。
2、收集有效证据
对于专利权人一方，最重要的是要收集侵权的证据，购买到侵权产品固然重要，但有些侵权产品本身就是假冒他人的产品，最好直接到生产厂家购买涉嫌侵权的产品，必要时可以采取公证取证，或者通过工商行政管理部门或技术监督部门行使其他职责时，顺便获取侵权证据。另外，就是获取侵权数额证据。
对于被告一方来说，关键是收集一切可以将原告专利无效掉的证据，这些证据包括专利文献、销售发票、产品广告、公开使用证明等。
3、巧用法律程序
对于被告而言，最常用的是反诉对方专利无效，从而争取时间寻求其他抗辩方法。而对于原告，在诉讼之前，最好先行对自己的专利启动无效程序，使专利经过一次“实审”的考验，然后再诉他人侵权。
专利转让合同纠纷一般是出现在专利人和受让人在专利转让过程当中出现其中一方利益损害的行为，如果情况比较简单可以通过简单的协商调解来处理，如果调解失败可以选择诉讼来维护当事人的利益。
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