国家赔偿申请立案审理程序有两种不同的方式。行政赔偿部分，由行政审判庭依照行政诉讼法、国家赔偿法及最高人民法院的相关司法解释的规定，用诉讼方式进行审理。刑事赔偿和非刑事司法赔偿部分，用非诉讼方式进行审理。
国家赔偿申请立案审理程序是什么?
赔偿申请人依照国家赔偿法的规定，从提出国家赔偿申请到最终取得国家赔偿，由于国家赔偿的义务主体不同，所以，人民法院对国家赔偿案件的审理，也有两种不同的审理方式。
行政赔偿部分，由行政审判庭依照行政诉讼法、国家赔偿法及最高人民法院的相关司法解释的规定，用诉讼方式进行审理。刑事赔偿和非刑事司法赔偿部分，由赔偿委员会依照国家赔偿法和相关司法解释的规定，用非诉讼方式进行审理。
两种审理方式的主要区别是：前者采用合议制，以开庭审理为主，作出赔偿判决，实行两审终审制，一方不服的，经过二审才具法律效力;后者法律没有规定以合议制的方式进行，赔偿委员会适用书面审理方式，必要时可以进行听证，以少数服从多数的原则作出赔偿决定，该决定一经作出，便具法律效力。
申请国家赔偿的时效?
赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被依法确认为违法之日起计算，但被羁押期间不计算在内。赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。
赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内给予赔偿;逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三十日内向上一级机关申请复议。
复议机关应当自收到申请之日起两个月内作出决定。赔偿请求人不服复议决定的，可以在收到复议决定之日起三十日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定;复议机关逾期不作决定的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三十日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
国家赔偿案件立案的审理程序不是唯一的，司法机关会根据国家赔偿法的相关规定，确定主体后，选择用诉讼程序或非诉讼程序审理，诉讼审理需要开庭进行审理。我国申请国家赔偿的时效通常为两年，特殊情况会有变动，国家赔偿的案件立案审理程序依法进行。
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