工商部门会及时制止侵权行为，同时工商部门会根据调查之后的结果来对实际的侵权人进行处罚。如果是别人已经注册了商标，还被其他人给侵权注册，这种情况被侵权人就直接可以向工商管理部门发起投诉，也可以直接向法院发起起诉。
一、商标侵权案件工商部门会怎么处理?
工商所商标侵权案件将会制止侵权行为，并根据侵权人违法事实和情节轻重、作出行政处罚。
根据我国规定，对侵犯注册商标专用权的，被侵权人可以向县级以上工商行政管理部门要求处理，也可以直接向人民法院起诉。可见，解决商标侵权纠纷，有由工商行政管理部门处理的行政途径，也可以通过向人民法院提起诉讼的司法途径。
(1)商标侵权案件的行政管辖，既可以是侵权人所在地的工商行政管理部门，也可以是侵权行为地的工商行政管理部门。
(2)县级以上工商行政管理部门在受礼商标侵权案件后，通过调查取证、在认定事实的前提下，制止侵权行为，并根据侵权人违法事实和情节轻重、作出行政处罚。具体处罚措施包括：
1)责令立即停止销售;
2)收邀并销毁侵权商标标识;
3)消除现在商标上的侵权商标;
4)收邀直接专门用于商标侵权的模具、印板或者其他作案工具;
5)责令并监督销毁物品;
6)根据情节处以非法经营额50%以下或侵权所获利润五倍以下发罚款，并可以责令侵权人赔偿被侵权人的损失。
(3)商行政管理机关认为侵犯注册商标专用权的，在调查取证时可以行使下列职权：
1)询问有关当事人;
2)检查与侵犯活动有关的物品，必要时，可以责令封阅;
3)调查与侵权活动有关的行为;四、查阅、复制与侵权活动有关的合同、帐册等业务资料。
二、标侵权案件的诉讼解决适用民事诉讼程序是怎样的?
商标被侵权人必须依法向人民法院起诉，才能发动诉讼。商标被侵权人起诉必须注意：
向人民法院递交诉讼壮，并按被告人数提出副本;起诉要有明确的被告，即商标侵权人，有具体的起诉请求，如要求制止侵权行为，并请求一定数额的赔偿，有事实和理由，即起诉时应附送注册商标有关证明文件以及证明侵权人存在侵权行为的证据材料等;
起诉要属于人民法院受案范围和受诉人民法院管理，并在法律许可范围内选择最有利于已方的法院起诉;起诉要在法律规定的起诉时效期提出，即自商标所有人知道或者应当知道商标专有权被他人侵犯之日起2年之内提出起诉。
另外，商标侵犯案件较为复杂，当事人可以委托1至2名代理人参加诉讼。
因此涉及到商标侵权的案件，通常只要向工商部门发起投诉商部门在受理之后就会着手展开调查，如果经过调查发现了被投诉的这一方的确是存在着商标侵权的情况，那么会根据具体的商标侵权人做出的违法事实，比如说用侵权的商标进行获利等等来给侵权人进行处罚。
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