关于违法所得的计算方法，不仅仅在市场监管领域有争议，在其他行政执法领域也一直以来都存在有很大分歧，主要争议在计算时是否要扣除成本。一种意见是“收入说”，即以全部违法收入为违法所得，不考虑扣除成本；另一种意见是“利润说”，即以违法行为的获利部分为违法所得，扣除成本。
之所以各行政执法部门对违法所得的计算方法一直有争议，是因为国家此前一直没有对此有过统一明确的规定。
在市场监管系统，关于违法所得计算的相关规定就相当杂乱。
做得最好的当属原工商总局，其于2008年11月21日以总局第37号令公布了《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》，对违法所得的认定办法作出了统一的规定，可以说是“一部规章止纷争”。
除此之外，市场监管领域目前有关违法所得计算的规定还有：原国家技术监督局于1990年9月25日印发的《关于技术监督行政案件“违法所得”、“非法收入”计算的意见》，原质检总局2011年2月22日印发的《关于实施〈中华人民共和国产品质量法〉若干问题的意见》、2010年3月8日《关于加油站计量作弊案违法所得认定和计算问题的答复意见的函》、2014年8月21日《关于“违法所得”计算请示答复意见的函》，原卫生部法监司《关于如何计算化妆品生产经营行为的违法所得请示的复函》（卫法监食发[2000]第16号），原国家食药局《关于〈药品管理法〉〈药品管理法实施条例〉“违法所得”问题的批复》（国食药监法[2007]74号）。
新修订的《行政处罚法》已于7月15日起正式施行，其中第28条第2款规定：“违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定”。这意味着，对违法所得的计算方法，国家法律终于有了明确规定了。
按照新《行政处罚法》第28条第2款“违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定”的规定，只有除《行政处罚法》之外的其他法律、行政法规、部门规章才有“资格”对违法所得的计算另作规定，而此前市场监管领域有关违法所得计算的规定，只有原工商总局的《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》是部门规章，因此新《行政处罚法》施行后，在市场监管领域除《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》仍然能够适用外，以上列举的其他有关违法所得计算的规定均不再适用。
需要注意的是，市场监管总局2020年11月11日在官网发布了关于《国家市场监督管理总局关于废止和修改部分规章的决定（征求意见稿）》公开征求意见的通知，拟对13件部门规章予以废止，其中包括《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》，征求意见已于2020年12月10日结束。
今年3月29日，市场监管总局印发了2021年立法工作计划，拟制修订部门规章61部，其中第一类项目36部，第二类项目25部，《市场监督管理行政处罚案件违法所得认定办法》列为第二类项目。
总局印发立法计划通知里说的是：部门规章第一类项目务必于2021年6月30日前将送审稿及有关材料送法制审查，力争年底前完成。部门规章第二类项目，要高质高效推进
看来，今年年底前《市场监督管理行政处罚案件违法所得认定办法》还出不来，得明年再说。
因为《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》目前尚未废止，所以还应继续适用；除原工商领域之外，市场监管其他领域违法所得的计算就剩下一种方法了，也就是新《行政处罚法》第28条第2款规定的“实施违法行为所取得的款项”。
在总局新的《行政处罚案件违法所得认定办法》没有出台之前，在原工商领域之外的市场监管领域，在其他实体法律、行政法规没有对违法所得的计算另有规定的情况下，执法人员在计算违法所得时，均应以违法行为人所取得的所有款项计算，无需考虑行为人实施违法行为时付出的成本等因素，但应当扣除已经缴纳的税费。马怀德在《＜行政处罚法＞修改中的几个争议问题》一文中认为：“一般而言，违法所得应该指违反法律法规等义务规范产生的全部利益，这种利益应当扣除已经缴纳的税费，但不能扣除所谓的成本。对于税费而言，当执法确定相对人的违法所得时，有一部分所得已经成为税费缴纳给有关机关，进入国库。此时如果将这部分税费认定为违法所得，实质上等于在已经确定的违法所得之外，又要求当事人额外缴纳一部分本身属于合法获取的财物，这显然超出了当事人应当对其行为所负担的责任范围。因此，在确定违法所得时，扣除当事人已经缴纳的税费是合理的。”
另外，笔者非常赞同抚州市人大常委会黄璞琳老师关于“并非所有违法行为都有违法所得”的观点。基于“不得因违法而获益”之法律原则，违法所得应当是与当事人案涉违法行为直接相关，且是当事人基于此违法行为而直接获益的款项。应归属于“违法所得”的获益款项，与当事人违法行为之间的因果关系，应当是直接的、客观的、常识认可的因果关系。不能将当事人在实施违法行为期间，获得的全部款项，以及任何一种收益，都认定为与该违法行为之间存在直接的、客观的、常识认可的因果关系。
实际上，并非所有的违法行为都会导致当事人在经济上获益；经营活动中，并非只要当事人有违反行政管理秩序行为，就应将其违法期间获得的全部款项或者收入都认定为违法所得。例如，公司修改其章程未涉及公司登记事项，以及公司变动其董事、监事、经理，但未按规定向原公司登记机关备案的，公司在未办备案期间从事经营活动所获款项或者收入，与其未办备案行为之间，并无直接的、客观的、常识认可的因果关系。此情形下的公司收入，直接来源于该公司的经营行为而非“其未办备案行为”，不能认定为公司未办备案行为的违法所得。
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