软件著作权登记应在中国版权保护中心进行办理。中国版权保护中心是国家版权局认定的唯一的软件著作权登记机构，目前除北京地区设有软件著作权代办机构，其他各地都需要在中国版权保护中心进行软件著作权登记。
一、软件著作权登记在哪里申请
中国版权保护中心是国家版权局认定的唯一的软件著作权登记机构，目前除北京地区设有软件著作权代办机构，其他各地都需要在中国版权保护中心进行软件著作权登记。
根据《计算机软件著作权登记办法》第九条规定，申请软件著作权登记的，应当向中国版权保护中心提交以下材料：
(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;
(二)软件的鉴别材料;
(三)相关的证明文件。
《计算机软件著作权登记办法》第五条，申请人或者申请人之一为外国人、无国籍人的，适用本办法。
第六条，国家版权局主管全国软件著作权登记管理工作。国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构。
二、软件著作权申请作用
对于软件开发者来说，办理软件著作权登记虽然不是国家强制的政策，但是软件办理了登记，它的百利而无一害的。
1、《软件著作权登记证书》是在软件著作权发生争议时证明软件权利的最有力的证据。这不仅是在进行诉讼或在发生一般纠纷时，都能起到很好的证明作用。但如果没有进行登记，著作权人的权利就很难获得全面的保护。
2、《软件著作权登记证书》是软件著作权人进行投资和交易的重要资本和财富。而软件著作权登记证书就是知识的最后凭证。
3、《软件著作权登记证书》有时还是企业在申请高新技术企业认定时非常重要的砝码，有了软件著作权登记证书在一定程度上就能证明企业拥有核心自主知识产权，而这也是高新认定非常重要的部分。
4、《软件著作权登记证书》是企业申请软件企业必不可少的证明材料。
5、从以上3、4点可以看出，软件著作权登记证书也是企业获得国家税收减免、人才优惠等国家政策的条件。
软件著作权是在我们作者开发好一个项目时就有的，但是如果没有做软件著作权的申请，那么别人也是可以不相信此项目是你做的，所以需要作者在完成项目后向中国版权保护中心提出申请，进行软著申请，只有拥有了此证明的作者才有后续对项目产生侵权之后进行追责等法律流程，维护作者利益。
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