一旦被指控侵权，合理的辩解一般有两个，其一是想办法证明自己的软件与他人的软件有本质差异，属于不同的软件，因此谈不上谁侵犯谁的权利;其二是证明自己没有接触过对方的软件，被指控的软件是自己独立开发的，即便它与对方的软件存在实质性相似也不构成侵权。按照这种方法，开发人员从一开始就应当有意识地采取一些措施，以备日后可能发生的侵权纠纷。
开发软件，经常要研究、参考他人已存在的软件，研究、参考他人软件的一个有效的方法就是所谓的“还原工程”方法。从版权法的原理来看，只有IDEA的表达受版权保护，而IDEA本身不受保护，所以关键是要把握住还原的结果只能是IDEA而不能是IDEA的表达。软件开发企业进行“还原工程”务必要十分谨慎，以免误入他人权利的领地。
一旦被指控侵权，合理的辩解一般有两个，其一是想办法证明自己的软件与他人的软件有本质差异，属于不同的软件，因此谈不上谁侵犯谁的权利;其二是证明自己没有接触过对方的软件，被指控的软件是自己独立开发的，即便它与对方的软件存在实质性相似也不构成侵权。按照这种方法，开发人员从一开始就应当有意识地采取一些措施，以备日后可能发生的侵权纠纷。
在长期的版权实践中，计算机软件版权方面逐步形成了一些用来判断侵权行为的标准，比较著名的有：
1.传统标准__“镜象复制”法
以镜子反射原理来判断的传统镜象标准往往不能有效地打击版权侵权活动，因为一般来说，不会有全部一样的计算机程序和文档。
2.“实质相似性加接触”标准(Substuntial Similarity and Access)
实质相似性有两类：一是文字成分的相似，以程序代码中引用的百分比为依据;二是非文字成分的相似，强调应该以整体上的相似作为确认两个之间实质上相似的根据。所谓整体上的相似是指程序的组织结构、处理流程、所用的数据结构、所产生的输出方式、所要求的输入形式等方面的相似。接触是指被控方曾有“看到或复制对方版权作品”的机会。实质相似和接触结合起来即构成判断是否侵犯软件版权的标准。
3.“结构、顺序与组织”标准(美国SSO标准)
结构(Structure)是一个程序中的各个组成部分，如指令、语句、程序段、子程序和数据结构等、顺序(Sequence)是让计算机先执行哪些结构，后执行哪些结构的前后次序，即程序中的处理流程。组织(Organization)是指这些结构之间、流程之间以及结构和流程之间的相互关系(如层次嵌套关系、调用从属关系、串行并行关系等)的总体安排。
在判断中通常将程序的结构、顺序、组织相似作为认定两项程序之间存在实质相似性的准绳。
这些标准在立法实践中尚未得到完全认可，但是司法实践中已在应用，尤其在美国，由于英美法系采用判例法制度审理案件，这些标准在司法审判中起了很大的作用。在这种情况下，软件开发人员必须进行自我保护，通常采取的措施主要有：
(一)开发人员应能够列举出本程序与他人程序之间存在的不同点，可以通过程序的空间、子程序与模块、程序语句及操作系统的信息接口等方面来比较。
(二)开发人员能够指出本程序中的重大改进，并且能说明这些改进对于实现程序的功能和改善程序的性能所起的积极作用，即：以证据说明所开发的程序包含了本企业软件编程人员的创造性劳动。
(三)在开发过程中，将全部工作文档化。文档是诉讼中的重要证据，每个文档产生的时间都应当准确记载，文档越多、越详细，文档之间越能相互协调，连贯统一，对证明软件的独创性越有利。
(四)在论述中应明确指出硬件对程序设计的限制。如果开发人员能证明程序的相同点或相似点是由于存在思想概念__表达同一性，那么承担侵权责任的可能性就几乎没有了。
(五)在编程中开发人员应尽量避免采用相同的界面信息。例如对屏幕显示，在保持简便性和清晰性的前提下，尽可能地改变显示的顺序、命令、菜单、图象、应答词等，至少在外部形式上避免雷同和相似。
(六)说明软件人员在开发过程中处于封闭状态，并未接触过对方的版权作品，完全是利用本单位的物质条件、发挥个人智慧创造的智力成果。
在与他人发生软件版权纠纷时，企业和软件开发者通过上述措施，可以达到以下目的：
1.被控作品中虽然包含了对方作品中的独创性成果，但被控方证明自己也是独立创作的，而非复制的，则这种包含是创作上的巧合，不属于侵权。
2.被控作品中包含了对方作品中的非独创性成果，就是说这部分内容虽然在双方作品中相同，但它可能是公有领域内的素材、知识，故不存在侵犯版权的问题。
3.如果被控作品中以独创性的方式包含了对方作品中独创性成果，则也有两种可能性：一是被控的作品已构成全新的再创作，不构成侵权;二是被控作品尚达不到全新创作的程度，因此侵犯了对方的改编权和其它演绎权，但不侵犯其复制权。
综上所述，企业和软件开发者在工作之初就应牢固地树立软件版权意识，可以借鉴别人的经验，但是必须有自己的独创劳动，同时在开发软件过程中，做好前期准备工作，保护自己的合法权益。
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