软件著作权登记证书可以通过中心网站公告栏查询；软件登记电子档案查询； 软件登记纸质原始档案查询；根据《计算机软件著作权登记办法》第六条，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构。
一、软件著作权登记证书查询怎么查？
根据《计算机软件著作权登记办法》第六条：国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构。经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构。
第十条，软件登记档案查询方式包括：
(一) 通过中心网站公告栏查询;
(二) 软件登记电子档案查询;
(三) 软件登记纸质原始档案查询。
按照下述规定办理查询手续：
(一)自然人、法人或其他组织办理查询的，应当填写《查询申请表》，并持身份证件、工作证或单位介绍信办理。软件登记人查询和复印自身登记文件的，还应当提交软件登记证书原件。
(二)司法机关因执行公务查询、复印和借阅登记档案的，承办人应当填写《查询申请表》，持单位介绍信或公函及工作证办理，复印和借阅登记档案的，应当经中心软件登记部负责人、中心主管领导签字同意后，方可办理。
(三)中心软件登记部工作人员因工作需要查阅、借阅登记档案的，应当填写《借阅档案申请表》，经过软件登记部负责人签字同意后办理。
第十二条，查询人应当遵守以下规定：
(一)查询人应当在档案管理员陪同下在登记大厅查询窗口区域阅览或摘录登记档案。复印纸质原始登记档案和打印电子登记档案应当由档案管理员完成。
(二)查询纸质原始软件登记档案的人员，禁止在档案材料上修改、涂抹、标记等。
(三)查询人违反上述规定的，档案管理人员应当予以制止和纠正;拒不改正的，可以拒绝提供查询;造成损失的，查询人应当承担赔偿责任。
第十三条，对于符合查询规定的申请，中心应在受理查询之日起十个工作日内给予书面答复。
查询费支付标准：
(1) 计算机信息库查询费：
a、题录库查询：检索登记库中某类软件目录。
最近5年信息：每题100元,超过100条,每条加收0.30元;
追溯查询(5年前)：每题150元,超过100条,每条加收0.50元。
b、文摘库查询：查询某个软件的简介文摘。
最近5年信息：每题20元,超过3页,每页加收0.50元。
追溯查询(5年前)：每题30元,超过3页,每页加收0.50元。
c、著作权概况查询：查询某个软件著作权情况。
最近5年信息：每题200元,超过3页,每页加收0.50元。
追溯查询(5年前)：每题250元,超过3页,每页加收0.50元。
(2) 纸介质查询费
对指定登记号的档案进行查阅,每件收费2元.如需复印加收复印费。
二、软件著作权的作用
1.软件著作权登记是税收减免的重要依据， 根据财政部、国家税务总局《关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》规定:”对经过国家版权局注册登记，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。”
2.它也是法律重点保护的依据，根据《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第三十二条规定:”国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”
3.作为技术出资入股，根据《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定:”计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%”。甚至有的地方政府规定:”可以100%的软件技术作为出资入股”，但是都要求首先必须取得软件著作权登记。
4.可以作为申请科技成果的依据，根据科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定:”办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料:
(一)应用技术成果:相关的评价证明(鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等)和研制报告;或者知识产权证明(专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等)和用户证明”。
而在法律上著作权视为”无形资产”，企业的无形资产不随企业的破产而消失，在企业破产后，无形资产(著作权)的生命力和价值仍然存在，该无形资产(著作权)可以在转让和拍卖中获得有形资金。
综合上面所说的，软件著作权的登记是可以通过不同方式来进行查询的，但是登记证书的时候必须要是通过正规的渠道，那么才可以查询得到，因此，在办理的时候就要让工作人员把后续的问题告诉清楚，应怎么样查询，这样对于自己来说也是有好处的。
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