原告不配合笔迹鉴定的，人民法院可以强制进行笔迹收取，然后交由笔迹鉴定机关进行鉴定，或者是直接判定，即推定主张笔迹鉴定一方，即被告方关于笔迹鉴定的部分案件事实时属实的，但是如果是在没有进入司法程序之前原告方不配合进行笔迹鉴定的，被告方也只能放弃。
一、原告不配合笔迹鉴定怎么办?
对方一旦不配合司法鉴定的相关规定，其法院可以进行相关的强制措施，让对方必须履行。而且其所造成的相关的影响也是非常严重的，其后果更加严重。
根据《最高人民法院关于适用的解释》第九十条 ，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。
在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。这是举证责任分配的基本原则。
一方向法院依法申请司法鉴定，此鉴定必须对方配合才能完成，如笔迹鉴定，亲子鉴定等等，对方拒绝配合，会导致鉴定无法实施，无法认定需要通过鉴定确定的案件事实的结果。此时应当推定申请鉴定一方所主张的待鉴定案件事实成立。
因为负有举证责任一方在向法院申请鉴定并得到法院准许时，已经完成举证义务，此时举证责任转移到应当配合鉴定的另一方，另一方只有配合鉴定才能完成其举证义务，其拒不配合鉴定，视为放弃举证，应当对案件事实的举证不能承担不利后果。
二、被鉴定人拒不配合鉴定的原因是什么?
1、客观因素。
司法实践中，一方提出重新鉴定申请主要是针对当事人自行委托鉴定机构所作的司法鉴定书。在重新鉴定申请被依法准许后，被鉴定人往往会以该鉴定结论程序合法、鉴定人员资质合格，该鉴定结论客观有据为由予以抗辩，并拒绝进行重新鉴定。
2、心理因素。
司法实践中，司法鉴定可以由法院委托、当事人自行委托、双方当事人协商进行，其中自行委托鉴定出现问题的可能性比较大，出于各方压力、人情世故等因素的考虑，有些鉴定结构做出的司法鉴定不一定是合法合理的。
在一方申请重新鉴定的情况下，出于人的本性，当事人往往会出现害怕重新鉴定改变原先鉴定结论的心理，因此，他们以没有时间等各种原因搪塞，拒不配合进行重新鉴定。而且法律没有规定相应的惩罚措施，客观上被鉴定人摆脱了“心理负担”。
3、立法因素。
鉴定是法律赋予当事人的权力，但这种权力不能滥用，为此，《证据规定》对重新鉴定的申请条件以及何种情况下人民法院应该准许都作出了严格的限制。
《证据规定》第二十八条：“一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。”
司法鉴定的鉴定机关必须是合法的，并且进行鉴定的鉴定人员，即在鉴定报告上签字盖章的行为人，必须由相关的司法鉴定这个证，否则鉴定意见不具有证明效力，并且需要注意的是，鉴定机构出具的鉴定报告必须按照固定格式，否则视为效力有瑕疵。
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