在旧城改造过程中和城市化进程的推进中，拆迁无疑是一个敏感的话题，政府、拆迁人和被拆迁人之间的关系错综复杂，由此所引发的民事、行政纠纷更是接连不断。对于被拆迁人来说，最为关心的是他们的利益如何得到合理合法的补偿。而对于政府来说，不管是为了招商引资还是为了旧城改造，在获得利益的同时，更重要的也是对被拆迁人的财产权进行补偿，以避免各种矛盾的激化，使拆迁工作顺利进行。但是在拆迁的方案中，对于土地的补偿往往不尽如人意，这也是导致拆迁纠纷案件爆发的重要原因。
对被拆迁人的土地使用权进行补偿，首先就要对土地使用权的补偿标准有明确的界定。补偿标准的确定要坚持以下原则：公平合理原则，在政府、拆迁人和被拆迁人之间达到平衡，不偏袒任何一方；实事求是原则，在对土地使用权进行补偿的时候，不仅要考虑到土地的使用面积和区位，还要考虑到土地的历史情况和被拆迁人的现状；尊重民意原则，要充分尊重被拆迁人在土地补偿问题上的知情权和选择权，听取其意见，保证其作为房屋所有权人和土地使用权人的主体地位。
要制定出一个合理的补偿标准，还要考虑到几个因素：其一，对公益性拆迁和商业性拆迁的区分。对于商业性拆迁，开发商依据市场价格向土地所有人即政府支付了土地出让金，开发商及拆迁人与被拆迁人之间签订的补偿协议，从本质上来讲是一种民事行为，政府对这种行为不应该进行过多的干涉，因此双方应该遵循合同法和房地产法的相关规定，在公平合理的基础上制定拆迁补偿协议。对于公益性拆迁，目的主要是进行市政道路建设、环境绿化与整治，最终受益的是公众，客观上也提高了公众的生活质量。其二，土地使用权取得方式的不同。在决定土地使用权价格的因素中，土地使用权的取得方式无疑是其中的决定因素。房屋的拆迁是政府对收回的土地使用权进行重新配置，因此原土地使用权应该以其支付对价的大小而获得相应的补偿。以出让方式获得的土地使用权，向国家支付了相应的对价，因此，在拆迁过程中，应该依据土地使用权的剩余年限、土地的用途、区位、基准价等标准将土地使用权的补偿费支付给土地使用权人。
从法律的层面上规定对被拆迁人的土地使用权给予补偿，根据土地的不同情况制定出不同的补偿标准，起码要使补偿后的利益与市场利益相差不大。对于拆迁过程中，损害被拆迁人土地使用权的行为要制定严格的法律责任加以打击，保护土地使用权的补偿落到实处，以避免社会矛盾的出现。
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