商标注册侵犯著作权可以通过自行协商调解仲裁等诉讼方式解决。不管是侵犯商标权还是侵犯著作权，双方当事人都是可以首先协商赔偿的数额，如果不能够达成一致的意见的话，就诉讼解决。
一、商标注册侵犯著作权怎么办?
商标注册侵犯著作权可以通过自行协商调解仲裁等诉讼方式解决。
1、自行协商。如果双方能在侵权行为发生之后和解，则既可以使著作权人迅速有效地实现和维护自己的权益，也可以使侵权人避免声誉的损害。不愿意协商或者协商不成，当事人可以直接向法院提起民事诉讼。
2、调解。指双方当事人在第三人的协助下协商解决纠纷调解人的范围十分广泛，双方可以选择著作权行政管理机关、人民调解委员会、律师等双方信任的机关或者个人来主持调解。但调解必须建立在自愿原则的基础上，只要有一方不愿意进行调解，则不可以强行调解。调解的目的在于促成双方达成一致协议，但调解协议没有法律执行力，只要一方反悔，则调解协议就失去效力。调解不是解决著作权纠纷的必经程序，当事人愿意调解、达不成调解协议或调解后反悔的，都可以直接向法院起诉。
3、仲裁。双方当事人可以根据达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。仲裁往往仅限于合同纠纷，而且提请仲裁必须有书面协议或书面的仲裁条款。当事人之间有效的仲裁协议是排除法院的管辖权的，而且仲裁庭作出的仲裁裁决为终局裁决，裁决作出后，当事人就同一著作权纠纷再申请仲裁或向人民法院起诉，促裁委员会或者人民法院不会受理。仲裁作出的裁决是具有法律效力的，当事人应当履行。当事人一方不履行仲裁定的，另一方可以申请人民法院强制执行。如果人民法院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，当事人双方可以重新达成仲裁协议并依据该仲裁协议申请仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。
4、民事诉讼。发生著作权纠纷后，如果双方不愿意协商或者协商不成;不愿意调解协议或是调解后反悔的;而且当事人没有有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的;或是虽经仲裁裁决但人民法院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，都可以直接向人民法院起诉。诉讼是解决民事争端的终极途径。民事诉讼既适用于侵权纠纷，也适用于合同纠纷。
二、侵犯著作权罪怎么惩罚?
以营利为目的，有下列侵犯著作权情形之一，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金;违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金：
(一)未经著作权人许可，复制发行其文字作品、音乐、电影、电视、录像作品、计算机软件及其他作品的;
(二)出版他人享有专有出版权的图书的;
(三)未经录音录像制作者许可，复制发行其制作的录音录像的;
(四)制作、出售假冒他人署名的美术作品的。
注册商标权和著作权是不同的权利，虽然说都属于我们国家法律当中所规定的知识产权的范畴，而且关于有设计的一些商标的图形，是有可能符合我们国家著作权的保护的条件的，也就是可以申请版权的保护。一旦获得版权保护，任何人侵犯其主有权，可以要求其承担侵权责任。
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