商标与美术作品著作权冲突的，此时是应当首先保护在先的权利的，具体的处理是需要根据具体的案情来进行决定的。商标和著作权的冲突在司法实践中普遍存在，需要注意的是，并不是说，只要是两者的图形一致的，就一定构成著作权侵权。
当美术作品版权与商标权发生冲突时，版权的所有人可以要求撤销该商标。
1、如果商标产生基于商标作品的著作权之争，如果著作权人对注册商标有异议的可以向商标评审委员会申请撤销该注册商标，也可以请求法院判令商标权人停止使用其注册商标。
由于商标资源相对有限、自主创新意识不强加之经济利益驱动、立法疏漏等原因，商标权与著作权的冲突频繁发生。因此，在出现著作权与商标权或者与其他权利冲突的时候，著作权的确权显得尤为重要;虽然著作权实行自动保护，但由于这种自动保护在确权时不能起到著作权的权利的有效证明作用，也即著作权自动保护存在确权的弊端。所以为了避免著作权利的不明，在商标注册的同时先做著作权的登记，正是保证商标权不出现问题的最好办法。
2、商标权与著作权发生冲突通常是申请的商标的著作权归属不明，两个不同的申请主体，一方申请商标，另外一方申请著作权，而商标申请人无法举证该商标著作权属于自己的权利证明，从而产生基于商标作品的著作权之争。到目前为止，最有效、最便捷的方式就是著作权登记证明，所以商标申请的同时做著作权登记的意义也就在于此，即保证商标属于自己，也保证商标著作权属于自己，便不会出现著作权归属之争的问题。
3、图形标志在申请著作权的时候，可以使用黑白，也可以使用彩色，但一般作品的色彩设计也是体现作品一些独创性，如果结合色彩申请效果会更好，如果只提交黑白那就只是保护图案的架构。也可以申请系列作品，将彩色和黑白都进行保护。
商标的种类以构成要素为标准可以分为文字商标、图形商标、立体商标等。相应的，作为著作权客体的作品中可能与商标权发生冲突的主要有文字作品、美术作品、摄影作品、建筑作品。
主要有两种形式：一是申请人注册商标时使用了他人享有著作权的作品;一是作品使用了他人已经注册的商标这两种情况。
实际生活中，多为第一种情况，以第一种情况讲解商标权与著作权冲突的认定与解决。
在处理著作权与商标权权利冲突纠纷时，此时是应当对现有的在先权利予以优先保护的，如果是商标权利人侵害了著作权利人在线的权利的，此时应承担停止侵权、赔偿损失等侵权责任，同理，如果是商标权在先的，著作权利人也是要承担责任的。
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