由于《土地增值税暂行条例》、《土地增值税暂行条例实施细则》及相关配套文件并未对“合作建房”的规定细化，仅对“一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值税”作出明确规定，所以实务中对合作建房土地增值税的处理仍然存在多种执行口径，接下来我们就结合案例来看看合作建房的土地增值税处理的几种常见观点。
案例背景
甲公司(房企)与乙公司(房企)签订合作建房协议，共同开发XXX房地产项目，乙公司主要出资金实施项目建设，甲公司(房企)则将其所有的土地使用权投入该项目，双方不成立合营公司，建成后甲公司分得30%的房产，乙公司分得其余房产，全部用于销售。假设甲公司取得地成本为20000万元(公允价值50000万元)，占地面积5万方，其中甲公司分得房产占地2万方，XXX房地产项目拟修建总建筑面积15万方，分房时的平均销售单价为1万元/平方米。
土地增值税处理观点一
“以物易物”对于出地方以转让部分土地使用权(房地产)为代价，换取部分房地产所有权的，应该确认视同土地增值税的销售收入。
即甲公司出地环节应确认视同销售收入=50000*(5-2)/5=30000(万元)。
销售环节，甲公司以实际销售收入确认收入，原分回房屋的入账价值(按照换出资产公允价值+相关税费)为房屋取得成本，按转让旧房屋及建筑物计算征收土地增值税。
即乙公司土增清算时，应确认转让房地产所取得的收入=45000(150000*1*30%)万元的换出房产的视同销售收入+销售环节正常确认收入；
取得土地使用权所支付金额=150000*1*30%=45000万元，房地产开发成本=剩余70%房产对应的建设成本，按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。
对于出资方以转让部分房地产所有权为代价，换取部分土地使用权(房地产)的，应分别确认收入，同时确认取得土地使用权所支付金额。
与此观点一致的地方性文件是《广东省广州市地方税务局关于印发土地增值税清算工作若干问题处理指引（续二）的通知》（穗地税函〔2010〕170号）。
土地增值税处理观点二
对于出地方，出地环节不视同销售，暂免征收土地增值税;再销售环节，以实际销售收入确认收入，并将合作建房时转让出的土地历史成本调整为房屋建造成本，按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。即甲公司出地环节无需缴纳土地增值税；销售环节应确认转让房地产所取得的收入=4.5万方房产的实际销售收入，取得土地使用权所支付金额=20000*2/5=8000(万元)，房地产开发成本=20000*3/5=12000(万元)，按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。对于出资方，分房环节不视同销售，免征土地增值税，将分出房产对应的建设成本转为土地使用权取得成本；销售环节正常确认收入，按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。
即乙公司分房环节免征土地增值税；销售环节应确认转让房地产所取得的收入=10.5万方房产的实际销售收入，取得土地使用权所支付金额=4.5万方房产的建设成本，房地产开发成本=10.5万方房产的建设成本，按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。
与此观点一致的地方性文件是《重庆市地方税务局关于土地增值税若干问题的通知》（渝地税发[2011]221号）(已被废止)、《济南市土地增值税清算工作指南(试行)》。
土地增值税处理观点三
对于出地方，在土地变更共有环节，免征土地增值税；分房环节，不征收增值税；再销售环节，将分回房产再转让属于转让旧房，适用旧房转让相关土地增值税规定。即甲公司出地环节无需缴纳土地增值税，销售环节按照旧房转让的规定计算缴纳增值税。
对于出资方，分房环节不视同销售，免征土地增值税，将分出房产对应的建筑安装成本转为土地使用权取得成本；销售环节正常确认收入，按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。
即乙公司分房环节免征土地增值税；销售环节应确认转让房地产所取得的收入=10.5万方房产的实际销售收入，取得土地使用权所支付金额=4.5万方房产的建筑安装成本，房地产开发成本=10.5万方房产的建筑安装成本，按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。
与此观点一致的地方性文件是2019年度重庆税务局出版的《财产行为税管理手册》。
土地增值税处理观点四
出地环节，不征收土地增值税；项目建成后进行房产分割、分别初始确认不征收增值税；销售环节，非房开企业分得房产属于旧房，房开企业分得房产属于开发产品。房地产企业合作建房，以项目整体为清算对象归集扣除项目、计算单位面积成本，依据各方对外转让开发产品收入计算缴纳土地增值税。即甲公司出地环节、乙公司分房环节都无需缴纳土地增值税，销售环节都按销售开发产品的相关规定交纳土地增值税。按照XXX项目整体的取得土地使用权所支付金额(甲公司支付的土地成本20000万元)、房地产开发成本(乙公司的建设成本)，并加计20%计算单位面积成本。与此观点一致的地方性文件是2021年度重庆税务局出版的《财产行为税管理手册》。
要点总结：
观点一的做法正常征税，不符合48号文的精神，而观点二三四存在都具有一定的合理性，也没有违背48号文的精神。而观点四使得房开企业合作建房双方扣除成本统一，相对二三观点更体现税收公平原则。
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