当著作权中的科学领域被侵权的时候，双方可以自行协商或者是调节来进行处理。也可以通过申请仲裁或者是民事诉讼的方式来进行处理，但需要注意的是，如果选择民事诉讼的话，诉讼时效一般是三年的时间。
一、著作权中的科学领域被侵权怎么办
1.自行协商。如果双方能在侵权行为发生之后和解，则既可以使著作权人迅速有效地实现和维护自己的权益，也可以使侵权人避免声誉的损害。不愿意协商或者协商不成，当事人可以直接向法院提起民事诉讼。
2.调解。调解不是解决著作权纠纷的必经程序，当事人愿意调解、达不成调解协议或调解后反悔的，都可以直接向法院起诉。
3.仲裁。仲裁往往仅限于合同纠纷，而且提请仲裁必须有书面协议或书面的仲裁条款。当事人之间有效的仲裁协议是排除法院的管辖权的，而且仲裁庭作出的仲裁裁决为终局裁决，裁决作出后，当事人就同一著作权纠纷再申请仲裁或向人民法院起诉，促裁委员会或者人民法院不会受理。仲裁作出的裁决是具有法律效力的，当事人应当履行。当事人一方不履行仲裁定的，另一方可以申请人民法院强制执行。如果人民法院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，当事人双方可以重新达成仲裁协议并依据该仲裁协议申请仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。
4.民事诉讼。发生著作权纠纷后，如果双方不愿意协商或者协商不成;不愿意调解协议或是调解后反悔的;而且当事人没有有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的;或是虽经仲裁裁决但人民法院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，都可以直接向人民法院起诉。诉讼是解决民事争端的终极途径。民事诉讼既适用于侵权纠纷，也适用于合同纠纷。
二、著作权侵权认定标准是什么
根据著作权保护的特点，著作权侵权行为的认定可分为以下几步：
1、对原告作品的分析
按照我国法律的规定，著作权的产生采取自动保护原则，即作品一经创作完成，著作权即告产生。因此，与专利、商标等其他类型的知识产权侵权认定不同，著作权侵权认定还涉及到权利的有效性问题。一部拥有有效著作权的作品必须同时具备下述条件：属于著作权法保护的作品范围;具备独创性;能以某种有形形式复制。只要有任何一个条件不具备，原告作品就不受著作权法保护。这样，被告当然未侵权。如果原告作品同时符合上述条件，则该作品享受著作权法保护。
2、对被控侵权作品及被告使用方式的分析
对被控侵权作品的分析，可适用以下两个标准：一是“接触”，即接触前一作品的机会;二是“实质相似”，即应受著作权保护部分实质相似。其中，后者是认定的重点。在认定原、被告的作品是否“实质相似”时，应将原告作品中受著作权保护的部分与被告作品的相应部分进行对比，判定两者是否实质相似。
在我国司法实践中，人民法院在认定原、被告作品之间是否存在实质性相似方面也有过成功的案例。如果被告的行为属于使用作品的行为，那么，就需要对被告的使用方式进行分析。有关的知识产权法律对“使用方式”规定了不同的含义。如在专利法中指的是“实施”，即将某项专利运用于产业，按说明制造出相同的产品或者使用相同的方法;与之相对立，在著作权法中指的是“复制”，即以印刷、复印等方式将作品制成一份或者多份。当某一客体(如实用艺术品或外观设计作品)受到专利法与著作权法的不同角度的保护时，尤其应注意区分“实施”与“复制”这两种不同的使用方式，不同的使用方式构成不同类型的侵权行为。
对于“复制”这种最普遍的使用作品的方式，根据规定，按照工程设计、产品设计图纸及其说明进行施工、生产工业品，不属于著作权法所指的“复制”。由此可知，在我国，将平面作品以立体形式再现不构成对平面作品的侵权。
在我国对于著作权采取的是自动保护的原则，也就是作品一旦完成的话，那么著作权也就会产生任何人不能够有侵权的行为，否则需要承担相应的法律责任。如果对方有侵权的行为，可以选择自行调解，或者是通过诉讼的方式来解决。
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