可以通过行政裁决或者是依法起诉的方式来处理。房屋拆迁的时候必须要按照法定的程序来执行，否则就属于违法拆迁，其次房屋在进行正式拆迁之前，必须要先发放拆迁补偿款以后，才能正式拆迁。
一、房屋拆迁补偿纠纷该怎么办
1、行政裁决
对拆迁人与被拆迁或者拆迁人，被拆迁人与房屋承租人达不成拆迁安置协议，就补偿安置争议向人民法院提起民事诉讼的，人民法院不予受理，并告知当事人可以按照《拆迁条例》向有关部门申请裁决。拆迁人与被拆迁人或者拆迁人与被拆迁人、房屋承租人达不成拆迁补偿安置协议的，经当事人申请，由房屋拆迁管理部门裁决。
实施裁决的房屋拆迁管理部门是县级以上地方人民政府房屋拆迁管理部门。房屋拆迁管理部门是被拆迁人的，由同级人民政府裁决。裁决的内容包括补偿方式和补偿金额、安置用房面积和安置地点、搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限等事项。裁决应当自收到申请之日起30日内作出。
2、行政或司法强制
(一)行政强制：被拆迁人或者房屋承租人在行政裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由拆迁管理部门提请公安部门强制拆迁。
(二)司法强制：被拆迁人或者房屋承租人在裁决书规定的搬迁期限内未搬迁的，由房屋拆迁管理部门依法申请人民法院强制拆迁。实施强制拆迁前，拆迁人应当就被拆除房屋的有关事项，向公证机关办理证据保全。行政强制或司法强制只能选一种。房屋拆迁管理部门提请或申请强制拆迁，必须非常慎重。
3、民事仲裁或民事诉讼
拆迁补偿安置协议订立后，被拆迁人或者房屋承租人在协议的约定的搬迁期内拒绝搬迁的，拆迁人可以依法向仲裁委员会申请仲裁，也可以依法向人民法院提起民事诉讼。诉讼期间，拆迁人可以依法申请人民法院先予执行。
二、房屋拆迁时的补偿都有哪些
拆建单位依照规定标准向被拆迁房屋的所有权人或使用人支付的各种补偿金。一般有：
(1)房屋补偿费(房屋重置费)，用于补偿被拆迁房屋所有权人的损失，以被拆迁房屋的结构和折旧程度划档，按平方米单价计算。
(2)周转补偿费，用于补偿被拆迁房屋住户临时居住房或自找临时住处的不便，以临时居住条件划档，按被拆迁房屋住户的人口每月予以补贴。
(3)奖励性补偿费，用于鼓励被拆迁房屋住户积极协助房屋拆迁或主动放弃一些权利如自愿迁往郊区或不要求拆迁单位安置住房，房屋拆迁补偿费的各项标准由当地人民政府根据本地的实际情况和国家有关法律政策加以确定，拆建单位必须严格执行，不得任意更改。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》
第十七条
作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
(一)被征收房屋价值的补偿;
(二)因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿;
(三)因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
市、县级人民政府应当制定补助和奖励办法，对被征收人给予补助和奖励。
发生拆迁补偿纠纷的时候，可以选择行政裁决的方式或者是依法起诉的方式来处理，一般房屋在进行拆迁的时候可以获得房屋补偿费，周转补偿费以及奖励性补偿费，需要按照当地实时政策执行。必须发放完补偿款以后才能够进行拆迁。
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