问题解答：
如果当事人根据相关法律规定办理了农用地转用审批手续并且经过相关部门批准后在耕地上建厂房的，那么就不算违建，如果未办理手续，没有经过批准，那么就属于违建。
法律依据：
《土地管理法》第四十四条
建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。
永久基本农田转为建设用地的，由国务院批准。
在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围内，为实施该规划而将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，按土地利用年度计划分批次按照国务院规定由原批准土地利用总体规划的机关或者其授权的机关批准。在已批准的农用地转用范围内，具体建设项目用地可以由市、县人民政府批准。
在土地利用总体规划确定的城市和村庄、集镇建设用地规模范围外，将永久基本农田以外的农用地转为建设用地的，由国务院或者国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府批准。
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