问题解答：
让损害公司利益的小股东退出的方式是：
1、与该小股东达成股权转让协议，购买其股份；
2、如果该小股东未履行出资义务的，经催告后仍不履行的，可以通过股东会或股东大会的决议解除其股东资格。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》第七十一条
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(三)》第十七条
有限责任公司的股东未履行出资义务或者抽逃全部出资，经公司催告缴纳或者返还，其在合理期间内仍未缴纳或者返还出资，公司以股东会决议解除该股东的股东资格，该股东请求确认该解除行为无效的，人民法院不予支持。
在前款规定的情形下，人民法院在判决时应当释明，公司应当及时办理法定减资程序或者由其他股东或者第三人缴纳相应的出资。在办理法定减资程序或者其他股东或者第三人缴纳相应的出资之前，公司债权人依照本规定第十三条或者第十四条请求相关当事人承担相应责任的，人民法院应予支持。
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