自建房在有土地使用证的情况下办理房产证的流程是，房主携带土地使用证，身份证原件及复印件等有效材料，直接到房屋行政主管部门办理即可，如果是农村的自建房，需要准备集体所有建设用地使用权证或者宅基地使用权证。
一、自建房只有土地使用证怎么办房产证?
由屋主本人拿着土地使用证，身份证原价及复印件到房管局大窗口办理，一般需要以下证件：
①登记申请书;
②申请人身份证明复印件(原件核对);
③建设用地规划许可证;
④国有土地使用证;集体土地上房屋初始登记提供宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证
⑤建设工程规划许可证及红线图等。
二、土地使用证和房产证的区别是什么?
第一、颁发单位不同。
土地证是由地方土地主管部门颁发的，证明持证人对一定面积的土地享有所有权或使用权的书面文件，是持证人享有土地所有权或使用权的法律凭证。房产证包括房屋所有权证和房屋共有权证，在通常意义上，房产证是房屋所有权证的简称，是由不动产登记机关发放的证明房屋所有权归属的书面凭证。
第二、特点不同。
土地证，是指按照土地的自然属性、法定用途或约定方式，对土地进行的利用。土地使用权是对国家或集体所有的土地的占有、使用、收益的权利，属于用益物权，包括国有土地使用权和农民集体土地使用权，但是根据国家法律规定，农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业生产。
房产证是对特定房屋所有权归属的书面证明，并可记载特定房屋共有状况以及是否设定担保物权等状况。基于一物一权主义，房产证以一房屋一房产证为原则，即一个具有独立建筑结构与使用功能的房屋(包括区分所有的房屋)只有一个所有权，在不动产登记上只能有一项所有权登记，并且据此只能发放一个房产证。
三、土地使用证的类型有哪些?
1、集体土地使用证。
县级人民政府对集体所有的依法用于非农业建设的土地进行登记造册，核发集体土地使用证，确认建设用地使用权。
2、国有土地使用权证。
县级以上人民政府对单位和个人依法使用的国有土地进行登记造册，核发国有土地使用权证，确认国有土地使用权。
获得了土地使用权之后，不管是国有土地还是集体土地，正常情况下都应该有土地使用证，这是非常重要的证件，如果在土地上修建了自建房，应该办理房产证，农村的自建房也是可以办理房产证的，村民在办理房产证的时候可以先向村委会咨询相关意见。
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