知识产权的案件包括公诉程序还有自诉程序，如果是公诉案件，需要监察机关向法院审查起诉，需要公安机关对案件的证据材料进行收集，涉及到三个司法机关的办案处理，如果是自诉案件，一般是权利人向法院起诉。
(一)公诉程序
行使国家公诉权的检察机关，对公安机关侦查终结移送起诉的案件或者对自行侦查终结的案件，经过全面审查，确认犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，依法应当追究刑事责任的，提请人民法院予以审判。
1、公安机关直接立案侦察。
根据刑事诉讼法，涉及知识产权的违法犯罪行为均由公安机关负责立案侦查。任何单位和个人如果在文化市场执法当中发现侵犯知识产权以及其他非法经营的犯罪事实或者犯罪嫌疑人，都可以采取书面或者口头的形式向公安机关举报或报案，被害人也可以直接向公安机关报案或控告。公安机关对于报案材料应当迅速审查，认为犯罪事实应当追究刑事责任的，必须立案侦查;认为没有犯罪事实或者不够刑事处罚、不需要追究刑事责任的，不予立案，并将不予立案的原因告诉报案人或者被害人。报案人或者被害人不服的，可以申请复议，也可以向检察机关提起请求。检察机关认为公安机关不立案理由不能成立的，应当要求公安机关立案。
2、行政执法机关移送案件。
为了依法惩处破坏社会市场经济秩序罪、妨害社会管理秩序罪以及其他罪，保障社会建设事业顺利进行，国务院制定了《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》，要求行政执法机关在依法查处违法行为过程中，发现违法事实涉及的金额、违法事实的情节、违法事实造成的后果等，根据刑法关于破坏社会市场经济秩序罪、妨害社会管理秩序罪等罪的规定和最高人民法院、最高人民检察院关于破坏社会市场经济秩序罪、妨害社会管理秩序罪等罪的司法解释以及最高人民检察院、公安部关于经济犯罪案件的追诉标准等规定，涉嫌构成犯罪，依法需要追究刑事责任的，必须依照规定向公安机关移送。行政执法机关向公安机关移送涉嫌犯罪案件，应备齐以下材料：
(1)涉嫌犯罪案件移送书;
(2)涉嫌犯罪案件情况的调查报告
(3)涉案物品清单;
(4)有关检验报告或者鉴定结论;
(5)其他有关涉嫌犯罪的材料。
依照刑法、刑事诉讼法以及最高人民法院、最高人民检察院关于立案标准和公安部关于公安机关办理刑事案件程序的规定，公安机关应当自接受行政执法机关移送的涉嫌犯罪案件之日起3日内，对所移送的案件进行审查。认为有犯罪事实，需要追究形式责任，依法决定立案的，应当书面通知移送案件的行政执法机关;认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的，依法不予立案的，应当说明理由，并书面通知移送案件的行政执法机关，相应退回案卷材料。
行政执法机关对公安机关决定立案的案件，应当自接到立案通知书之日起3日内将涉案物品以及与案件有关的其他材料移交公安机关，并办结交接手续;法律、行政法规另有规定的，依照其规定。公安机关对发现的违法行为，经审查没有犯罪事实，或者立案侦查后认为犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任，但依法应当追究行政责任的，应当及时将案件移送同级行政执法机关，有关执法机关应当依法做出处理。
公安机关对公众报案、被害人控告或者行政执法机关移送的涉嫌犯罪案件一经立案，应当立即展开侦查，收集调取证据材料，应当采取强制措施以及搜查、扣押等措施的，必须依法迅速实施。公安机关侦查终结以后，对依法应当追究刑事责任的，要在规定的时限内提请检察机关提起公诉。
(二)自诉程序
自诉程序是指被害人等对于刑法规定的刑事案件自行、直接向人民法院提起刑事诉讼。根据我国《刑事诉讼法》第170条规定和有关司法解释，为有效的打击侵犯知识产权犯罪，保护知识产权人的合法权益，对于侵犯知识产权犯罪除适用公诉程序外，还规定了自诉程序。对严重危害社会和国家利益的侵犯知识产权犯罪，知识产权人可以直接向人民法院起诉。这种自诉案件包括：
1、知识产权人有证据证明的轻微刑事案件。即侵犯知识产权的犯罪事实、情节较为轻微，未严重危害社会秩序和国家利益，可能判处三年以下有期徒刑，不需要公安机关专门进行刑事侦查的案件。
2、当事人有证据证明被告侵犯知识产权的行为应当追究刑事责任，并向公安机关、人民检察院报案，公安机关、检察院作出不予立案、撤销案件、不予起诉的决定。
对此，当事人可以直接向人民法院起诉。法院受理案件以后，检察院应当将有关材料移送法院。法院受理自诉案件以后，在审理过程中，可以依法采取强制措施或者扣押、冻结等措施。法院审理自诉案件，可以进行调节，自诉人在法院宣告判决以前，可以与被告人自行和解或者撤回自诉。自诉案件经审理作出判决生效后，即交付执行。
当前，完善的法制环境已经形成，只有充分拿起法律武器，坚决打击刑事犯罪，才能更加有效的保护著作权人和邻接权人的合法权益，促进文化市场的健康繁荣发展。
知识产权纠纷的处理一般属于民事范围，但是也涉及到刑事犯罪，如果涉及到刑事犯罪，属于公诉案件的，需要当事人先控告，然后相应的司法机关收集证据，最后检察院起诉到法院处理。
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