知识产权侵权案件民事赔偿纠纷的诉讼时效不是三年，知识产权侵权纠纷的诉讼时效都是两年。不管是侵犯专利权、商标权还是著作权的，诉讼时效都是两年，应该从知道对方的侵权行为以后开始计算。
一、侵犯知识产权诉讼时效三年吗?
侵犯知识产权的民事赔偿纠纷的诉讼时效不是3年，是2年。
《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》中规定，侵犯专利权的诉讼时效为二年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。权利人超过二年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在继续，在该项专利权有效期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算二年计算。
《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》规定：“侵犯著作权的诉讼时效为两年，自著作权人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。权利人超过两年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该著作权保护期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为;侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算两年计算。”
根据《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》的规定，侵犯注册商标专用权的诉讼时效为二年，自商标注册人或者利害权利人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。
商标注册人或者利害关系人超过二年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该注册商标专用权有效期限内，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算二年计算。
二、知识产权侵权案件的法院管辖是怎么规定的?
1、专利侵权管辖
《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》第五条，因侵犯专利权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。侵权行为地包括：被诉侵犯发明、实用新型专利权的产品的制造、使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地;专利方法使用行为的实施地，依照该专利方法直接获得的产品的使用、许诺销售、销售、进口等行为的实施地;外观设计专利产品的制造、许诺销售、销售、进口等行为的实施地;假冒他人专利的行为实施地。上述侵权行为的侵权结果发生地。
2、商标侵权管辖
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条，因侵犯注册商标专用权行为提起的民事诉讼，由商标法第十三条、第五十二条所规定侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。前款规定的侵权商品的储藏地，是指大量或者经常性储存、隐匿侵权商品所在地;查封扣押地，是指海关、工商等行政机关依法查封、扣押侵权商品所在地。
3、版权侵权管辖
《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第四条，因侵犯著作权行为提起的民事诉讼，由著作权法第四十六条、第四十七条所规定侵权行为的实施地、侵权复制品储藏地或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。 前款规定的侵权复制品储藏地，是指大量或者经营性储存、隐匿侵权复制品所在地;查封扣押地，是指海关、版权、工商等行政机关依法查封、扣押侵权复制品所在地。
一般的民事纠纷的诉讼时效虽然是三年，但法律当中另有规定的，就应该依照相关的法律规定来处理。总之，知识产权侵权纠纷不适用于三年的诉讼时效，而且，发现知识产权受到侵犯以后本来就应该及时处理。
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