在民事诉讼中，不同意对方提出的笔迹鉴定的话，可以向法院提出诉求，法院会指定具备资质的鉴定机构做笔迹鉴定。如果拿到鉴定意见书，当事人还是不服的，可以申请重新鉴定，或者自己收集证据来推翻之前的鉴定结论。
一、不同意对方提出的笔迹鉴定怎么办？
当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：
1、鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的;
2、鉴定程序严重违法的;
3、鉴定结论明显依据不足的;
4、经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。
二、笔迹鉴定的举证责任是谁的?
对笔迹鉴定的申请由谁提出，应当根据具体案情的不同而分配。当原告所提供证据达到了证明借贷关系成立或证明了借条系被告所书，完成了举证责任时，被告如否认是其签字则由被告申请作笔迹鉴定;当原告本身不能完成证明责任时，则首先应当由原告自己申请作笔迹鉴定，从而完成自己的证明责任。只有在原告完成了借条是被告所签的举证责任后，被告抗辩时，举证责任才依法发生转移，由被告对抗辩事实进行举证，这是对“谁主张、谁举证”原则的正确理解。
三、笔迹鉴定多久出结果?
司法鉴定从受理之日起一般应当在15日内出具司法鉴定文书。如确需延长的，经向委托人说明理由，可延长至30日。复杂、疑难案件的鉴定时限确需延长的，经司法鉴定机构负责人批准，并征得委托人同意，可再适当延长。延长期不得超过60日。法医精神病鉴定及司法会计鉴定的时限可适当延长，一般应在受理之日起60日内完成。鉴定过程中需要补充鉴定材料的不计入鉴定时限。
综上所述，民间合同纠纷中，有时候会对方要提出笔迹鉴定，双方协商不成，当事人可以要求法院指派鉴定机构来确保公平。等笔迹鉴定书下来后，如果在鉴定意见上发生争议，还可以提出重新鉴定，要选择不同的鉴定机构去做。
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