其一，宅基地遇征收时的补偿，没有全国统一的标准。《土地管理法》第47条规定，征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。据此，对宅基地的补偿是没有放之四海皆准的标准的。实践中很多被征地农民习惯于上来就问我们“标准”，这个我们是很无奈的。北京的一块宅基地，和边疆地区的某块宅基地，其补偿标准自然是不同的。因此，被征地农民一定要明晰这点，去查找自己土地所在地的地方性规定。
其二，对宅基地上房屋（主要指住宅用房）的拆迁补偿，参照590号令的精神执行。根据中纪委、监察部《规范征地拆迁行为的通知》，（农村）房屋拆迁要按照建筑重置成本补偿，宅基地征收按当地规定的征地标准补偿，被征地拆迁农户所得拆迁补偿以及政府补贴，能够保障其选购合理居住水平的房屋……在《土地管理法》等法律法规作出修订之前，集体土地上房屋拆迁，要参照新颁布的《国有土地上房屋征收与补偿条例》的精神执行。
对此，北京在明律师事务所的青年律师陈丽芳表示，“参照”与严格遵从不同，是大体上按590号令的原则走的意思。实践中被征地农民面临住宅房屋拆迁时一要看当地标准，二要看590号令，两者结合起来理解，是较为客观而符合实际的。
在明律师讲实务：举个栗子算补偿
我们以法治的“首善之区”北京为例来做说明，看看是如何“参照”执行590号令精神的。
首先讲补偿安置方式：
1. 货币补偿；2. 房屋安置；3. 另行审批宅基地。
实践中，以前面两种情形较为多见，“另行审批宅基地”仅在“有条件的地区”实行。也就是说，从补偿安置方式上看，宅基地上房屋拆迁与590号令是区别不大的，这里不再展开。
其次，讲两个公式：
房屋拆迁补偿价= 宅基地区位补偿价 × 宅基地面积 + 被拆迁房屋重置成新价
拆迁宅基地上房屋实行货币补偿的，拆迁人应当向被拆迁人支付补偿款。补偿款按照被拆除房屋的重置成新价和宅基地的区位补偿价确定。给了钱的，就不再给房或者批地了。
拆除宅基地上房屋以国有土地上的房屋安置的，双方按前述规定确定拆迁补偿款，并与安置房屋的市场评估价结算差价即可。也就是说，用的仍然是这个公式。
所谓“重置成新价”，是指一定时间、一定区域内的被拆迁宅基地房屋重置成新平均价，也就是把一栋推倒的房屋重新盖起来的成本价、盖房钱，这个数字全国的差别不会太大（在北京盖房和在边疆地区盖房本身的成本几无差别），数额也不会很大（就是四壁+屋顶），通常在400~700元每平米幅度内确定。
宅基地区位补偿价稍微复杂一点，公式如下：
宅基地区位补偿价= 〔（当地普通住宅指导价 – 房屋重置成新均价）× 户均安置面积〕÷ 户均宅基地面积
所谓“当地普通住宅指导价”，由区县人民政府参照一定时间、一定区域内普通商品住宅均价、城市规划等情况综合确定。简言之，宅基地上房屋的拆迁补偿标准是与国有土地上房屋征收的补偿标准紧密相关的，但实践中通常会比“周边类似房地产的市场价格”略低。
此外，对于利用宅基地内自有房屋从事生产经营活动并持有工商营业执照的，拆迁人还应当适当补偿停产、停业的经济损失。具体损失补偿标准由区、县人民政府规定。当然，搬迁补助费也是要有的，标准同样由区、县人民政府规定。这两项是和国有土地上房屋征收差不多的。所以，
宅基地上房屋拆迁的补偿= 宅基地区位补偿价 × 宅基地面积 + 房屋重置成新价 + 搬迁补助费 + 停产停业损失（合法的营业用房才有）
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