商标申请著作权申请区别是申请的机构不同、保护的对象和保护的期限不同、客体不同等。不论是商标申请还是著作权登记都是为了保护持有人的权益不被侵害，如果被侵害可以通过法律的途径来维护权益。
一、商标申请著作权申请区别是什么？
1、申请机构不一样
商标是通过商标局进行申请的，版权是通过中国版权登记中心进行登记的。
2、保护对象不同
我国商标权的获得必须履行商标注册程序，而且实行申请在先原则。《中华人民共和国商标法》规定，经商标局核准注册的商标为注册商标，商标注册人享有商标专用权，受法律保护。著作权一般自动产生，不需要经过某些特别程序，根据《中华人民共和国著作权法》的规定，我国的公民和法人以及非法人组织是以作品的完成为著作权产生的标志而不是发表时。
3、保护期限不同。商标的期限只有10年有限期，超过10年需要进行商标续展。而版权进行登记之后，保护期为作者终生及死后50年。
4、客体不同。商标是区别同一商品或者服务的不同经营者并表明商品或者服务质量的商标标识本身。而版权(著作权)是针对文字、音乐、艺术、科学创作等原创的保护。
二、商标权、版权著作权被侵犯怎么办?
1、自行协商。如果双方能在侵权行为发生之后和解，则既可以使著作权人迅速有效地实现和维护自己的权益，也可以使侵权人避免声誉的损害。不愿意协商或者协商不成，当事人可以直接向法院提起民事诉讼。
2、调解。指双方当事人在第三人的协助下协商解决纠纷调解人的范围十分广泛，双方可以选择著作权行政管理机关、人民调解委员会、律师等双方信任的机关或者个人来主持调解。但调解必须建立在自愿原则的基础上，只要有一方不愿意进行调解，则不可以强行调解。
3、仲裁。双方当事人可以根据达成的书面仲裁协议或者著作权合同中的仲裁条款，向仲裁机构申请仲裁。仲裁往往仅限于合同纠纷，而且提请仲裁必须有书面协议或书面的仲裁条款。
4、民事诉讼。发生著作权纠纷后，如果双方不愿意协商或者协商不成不愿意调解协议或是调解后反悔的而且当事人没有有书面仲裁协议，也没有在著作权合同中订立仲裁条款的或是虽经仲裁裁决但人民法院认为仲裁裁决有法定不应执行的情形的，都可以直接向人民法院起诉。
商标和著作权的申请都是应该到归属的机构去办理，同时两者之间保护的期限也是有所不同，一般商标保护的期限是十年，保护期的期限届满后，持有人是可以办理续展的手续，而著作权的保护期限是五十年，不能在办理续展的手续。
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