侵犯企业的软件著作权，在赔偿的时候需要从三个方面来进行赔偿，首先是直接损失的赔偿，其次是从间接损失上进行赔偿，比如说制止侵权行为所产生的合理费用，如律师费用调查取证的费用等等都是属于间接损失。
1、计算机软件侵权直接损失的确定
1)可得利润损失法
以权利人在被侵权期间可得利润的减少作为权利人的损失。
其计算公式为：损失额=软件的单位平均利润x(月标准销售量x侵权时间(月数)-在被侵权期间的实际销售量)。使用这种方法计算比较复杂，主要问题有：
(1)月标准销售量的确定。如果软件投放市场后销售情况较好，呈上升趋势，则要以被侵权前最后一个月的正常销售量作为月标准销售量。如果软件投放市场后，销售量不具上升趋势，而是上下波动，则可取其被侵权的月平均销售量。
(2)侵权开始时间的确定。侵权时间对于损失额的计算很关键，但由于各种因素的影响，很难确定。知识产权律师认为，如果可以查明盗版上市时间;如不能确定盗版上市时间，在市场上没有较大的不利于该类软件销售的情况下，可将软件销售量锐减的月份作为侵权的开始时间。
(3)软件的单位平均利润应是净利润，而不是毛利润。
这种计算方法的优点是所得出的损失额比较接近于实际损失，且适用范围广，可用来计算大部分软件侵权案的侵权损失额。不足之处是没有考虑到市场因素的影响，当市场变化较大时，不宜采用这种方法。
2)侵权获利法
2、计算机软件侵权间接损失的范围
软件侵权所造成的间接损失主要为权利人行使软件作品著作权的可得利益损失。这些损失包括权利人丧失的市场份额及市场竞争力上的削弱，以及商业信誉的损失。此外，对于用制止侵权行为的合理费用也应计算在内。
在实践中，制止侵权行为的合理费用的范围一般包括：
(1)合理的律师费用;
(2)调查取证及为制止侵权行为所支付的正当差旅费等;
(3)为举证而查阅、复印有关资料而支付的合理费用;
(4)合理的鉴定费以及办理证据保全公证费用等其他合理费用。
3、司法确定的赔偿额范围及最低赔偿额的适用
计算机软件著作权是指软件的开发者或者其他权利人依据有关著作权法律的规定，对于软件作品所享有的各项专有权利。就权利的性质而言，它属于一种民事权利，具备民事权利的共同特征。对于侵权行为权利人可以要求赔偿。
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