可以选择调解、申请仲裁或者提起民事诉讼处理房屋纠纷，造成房产纠纷的原因非常多，只要不是房屋产权纠纷，和产权人签订了补偿协议并支付了补偿金之后，征地部门可以依法拆迁。房屋产权人对拆迁行为有争议的，可以选择复议或提起行政诉讼处理。
一、拆迁时遇到有纠纷的房屋怎么处理?
1、调解。
在第三者的主持下，纠纷当事人经过自愿协商达成和解。我国在基层群众性组织村民委员会和居民委员会都设立了人民调解委员会，专门进行民间纠纷调解，包括房地产纠纷的调解。
2、仲裁。
公民可以提请仲裁机关居中判明事实，分清责任，依法作出裁决。仲裁是一种准司法活动，其裁决具有法律效力，当事人必须执行。
3、诉讼。
即依法向人民法院提起诉讼，以解决房产纠纷。
二、征地拆迁需满足哪些条件?
1、征收土地必须是为了社会公共利益的需要。
2、征地是一种政府行为，是政府的专有权力、其他任何单位和个人都没有征地权。同时，被征地单位必须服从，不得阻挠征地。
3、必须依法取得批准。
4、必须依法对被征地单位进行补偿。被征收土地的所有权人、使用权人应当在公告规定期限内，持土地权属证书到当地人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记。征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。有关法律和行政法规对征收的具体补偿标准有专门规定。
5、征地行为必须向社会公开，接受社会的监督。
三、对拆迁补偿标准有争议行政复议申请书应载明哪些内容?
(一)申请人的基本情况，包括：
公民的姓名、性别、年龄、身份证号码、工作单位、住所、邮政编码;
法人或者其他组织的名称、住所、邮政编码和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务;
(二)被申请人的名称;
(三)行政复议请求、申请行政复议的主要事实和理由;
(四)申请人的签名或者盖章;
(五)申请行政复议的日期。
四、怎么预防房屋拆迁纠纷?
1、坚持动拆迁政策的公开化，提高工作的透明度。
在房屋拆迁中，动迁方必须做到办事制度公开，政策公开，程序公开，安置房源公开和动迁纪律公开。
2、要加强对动迁人员的管理，提高业务素质。
由于动迁政策具有一定的专业性，且动迁工作牵涉到被拆迁当事人的切身利益，因此必须重视和加强对动迁人员的业务培训。
可见，遇到有纠纷的房屋不代表拆迁工作必须要停止，在征地主管部门和产权人签订了征地补偿协议，应依法支付了征地补偿款的情况下，被拆迁人也需要按照征地补偿协议的约定履行搬迁义务。拆迁前调查过程中发现房子有产权纠纷的，需要民事主体间自行处理。
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