先由当事人自行协商处理，无法协商的可以请当地人民政府处理，如果当事人对政府部门的处理决定仍然有争议，可以在收到相关通知书以后的30天之内提起行政诉讼。土地纠纷还没有处理之前，征地主管部门不会直接拆迁房子。
一、拆迁户的土地纠纷怎么处理?
土地纠纷由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理，对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
《土地管理法》
第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
二、土地纠纷提起行政诉讼的条件有哪些?
(一)原告和土地纠纷有直接的利害关系。
(二)有明确的被告。
(三)有具体的诉讼请求和事实根据。
(四)属于人民法院受案范围和受诉人民法院管辖。
三、征收土地拆迁自建房需要遵守哪些流程?
1、实地放线定界，发布拆迁公告，召开动员会，委托拆迁公司。
国土分局会同用地单位联系市工地勘测规划院按照经批准的勘测定界图和选择意见书实地放线定界;征地拆迁工作专班拟定征地拆迁补偿安置方案并进行公告，组织被征地拆迁人员召开征地拆迁动员会。政府征收小组委托拆迁公司。
2、入户清点丈量。
拆迁公司受政府及工程指挥部委托入户清点丈量，被拆迁户在原始调查登记表上签字确认;拆迁公司对入户调查的数据分户进行整理，建立电子表格。
3、协助征收小组对拆迁户作动员谈判工作。
4、合法面积认定。
征收小组工作人员共同认定被拆迁房屋的合法面积及还房面积。
5、套价核算。
拆迁公司根据实地清点丈量数据和征收小组确认的合法面积，进行套价核算，建立电子表格。
6、征收小组确认。
征收小组工作人员在套价核算表上签字确认。
7、被拆迁户签字确认。
被拆迁户在测算表上签字确认。如有错漏，由拆迁公司补充调查，征收小组人员实地核实。拆迁公司建立增补或更正表格，征收小组工作人员在该表上签字确认后，交被拆迁人签字确认。
8、拆迁补偿公示。
政府将被拆迁户拆迁补偿标准、补偿金额、被拆房屋合法面积、还房面积等进行公示。
9、签订协议。
拆迁公司与被拆迁人签订《拆迁补偿协议书》，政府征收小组与被拆迁人签订《还房协议书》、《搭住费协议书》等。
10、支付补偿费、交房。
资金管理部门将房屋拆迁补偿费支付给被拆迁户，被拆迁户上交土地使用证、交被拆迁房屋。
对于拆迁户来讲，拆迁户对土地只有使用权，拆迁户对土地合法的使用权可以通过土地使用权证予以证明。如果土地使用权已经出租出去，等同于地上建筑物一并出租了出去，即使没有征地拆迁，发生土地纠纷后也要依法处理。
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