律师解析： 五险和农村合作医疗有冲突。因为新农村农村合作医疗和五险中的医疗保险是冲突的，合作医疗和五险一金不能同时参加。所以就不会存在合作医疗和五险一金一起报销的情况了，通常只可以报销其中的一个。五险和农村合作医疗的区别有：1、保障对象不同。五险一金(社保)的参保对象主要是企、事业单位职工;而农村养老保险参保对象是年满16周岁(不含在校学生)、未参加其他社会养老保险的城乡居民；2、缴费标准不同。五险一金(社保)是按照本市上年度在岗职工平均工资的一定比例和基数进行缴费，缴费相对较高;而农村养老保险个人缴费标准按照国家规定，目前设为每年100元至1000元10个档次。自愿选择缴费档次，缴费较低；3、筹资结构不同。五险一金(社保)主要是用人单位和参保人，用人单位缴的是主要部分;而农村养老保险主要供款方是政府，政府给了现在的老年人基础养老金，同时对中年人的缴费予以一定金额补贴；4、待遇标准不同。五险一金(社保)待遇不仅包括养老保险、还有医疗保险、生育保险、失业保险、工伤保险和住房公积金。养老保险的计发办法是按照养老保险政策有关规定执行，待遇标准相对较高。而农村养老保险只有养老保险和医疗保险，待遇水平较低。养老保险待遇由基础养老金和个人账户养老金两部分组成。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第四条中华人民共和国境内的用人单位和个人依法缴纳社会保险费，有权查询缴费记录、个人权益记录，要求社会保险经办机构提供社会保险咨询等相关服务。个人依法享受社会保险待遇，有权监督本单位为其缴费情况。第五条县级以上人民政府将社会保险事业纳入国民经济和社会发展规划。国家多渠道筹集社会保险资金。县级以上人民政府对社会保险事业给予必要的经费支持。国家通过税收优惠政策支持社会保险事业。
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